makeコマンド実行時の『そのようなファイルやディレクトリはありません』への対応方法

Question

makeコマンド実行時の『そのようなファイルやディレクトリはありません』の
エラーで処理が止まってしまいました。

$ make
sg2vgproto.cpp:12:22: 致命的エラー: stream.hpp: そのようなファイルやディレクトリはありません
' #include "stream.hpp" 　　　　　　　　　　　　
'　　　　　　　　　　　^
コンパイルを停止しました

となりましたが、stream.hppはカレントディレクトリにありました。
$ pwd
/home/hoge/hal2vg
$ find ~/ -name stream.hpp
/home/tuti/vg/src/stream.hpp
$ find ~/ -name sg2vgproto.cpp
/home/hoge/hal2vg/sg2vgproto.cpp

sg2vgproto.cppを参照すると、下記のように記述されていて
stream.hppをincludeしていますが、
ディレクトリ内にあるファイルを、makeコマンドからは『ない』と言われています。

 12 #include "stream.hpp"

どのようにしたら、makeコマンドで参照できるように
なるのでしょうか。

sg2vgproto.cppの記述をフルパスに変更しました

/*
#include "stream.hpp"
*/
#include "/home/tuti/vg/src/stream.hpp"

参照はできるようになりましたが、その先でのエラーがでました。

/usr/bin/ld: deps/hal/lib/halLib.a(halCLParser.o): 認識できない再配置 (0x2a) がセクション `.text' にあります
/usr/bin/ld: 最終リンクに失敗しました: 不正な値です
collect2: エラー: ld はステータス 1 で終了しました

Comments

[CHERRY]

vg はどのようにインストールしたのでしょうか？

[taro373]

git clone https://github.com/glennhickey/hal2vg.git --recursive　として　make です

Answer 1

CHERRYさんがコメントしておられますが・・・

https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/hal2vg/blob/master/include.mk

上のリポジトリからのものをmakeしておられるとすると

の5行目に
VGDIR=../vg
とあり、28行目に
cppflags += -std=c++11 -I ${sonLibPath} -I ${halPath} -I ${sgExportPath} -I ${hal2sgPath} -I ${VGDIR}/include -UNDEBUG
とあるので、

以下の場所にhal2vgのソースがあるなら
/home/hoge/hal2vg/sg2vgproto.cpp
vgのヘッダーの場所は
/home/hoge/vg/include/stream.hpp
こうなっている想定のように見えました。

これらのライブラリーが何かをよく知らずにコメントしています。外してたらご容赦を。

Comments

[taro373]

ありがとうございました。
/*
#include "stream.hpp"
*/
#include "/home/tuti/vg/src/stream.hpp"
として、フルパスを書いてみました。

これまでのエラーは消えましたが、

make[1]: ディレクトリ `/home/hoge/hal2vg/deps/hal2sg' から出ます
h5c++ -O3 -g -Wall -funroll-loops -DNDEBUG -std=c++11 -I deps/sonLib/lib -I deps/hal/lib -I .//deps/hal2sg/sgExport -I .//deps/hal2sg -I ../vg/include -UNDEBUG hal2vg.o sg2vgproto.o .//deps/hal2sg/libhal2sg.a .//deps/hal2sg/sgExport/sgExport.a deps/hal/lib/halLiftover.a deps/hal/lib/halLib.a ../vg/lib/libvg.a ../vg/lib/libxg.a ../vg/lib/libprotobuf.a deps/sonLib/lib/sonLib.a deps/sonLib/lib/cuTest.a -o hal2vg
.//deps/hal2sg/libhal2sg.a(sgbuilder.o): 関数 `hal::counted_ptr<hal::BottomSegmentIterator const>::release()' 内:
/home/hoge/hal2vg/deps/hal2sg/.//../hal/lib/halCountedPtr.h:218: `operator delete(void*, unsigned long)' に対する定義されていない参照です
（「定義されていない参照です」が続いた後に）
/usr/bin/ld: deps/hal/lib/halLib.a(halCLParser.o): 認識できない再配置 (0x2a) がセクション `.text' にあります
/usr/bin/ld: 最終リンクに失敗しました: 不正な値です
collect2: エラー: ld はステータス 1 で終了しました
make: *** [hal2vg] エラー 1

[KSwordOfHaste]

https://groups.google.com/forum/#%21topic/comp.lang.ada/P2nGRHvKPTg
をみると・・・halLib.aをコンパイルした際のgccのバージョン(これはDLしてきたものでしょうか・・・)と今回お使いのリンカー(ld)のバージョンに互換性がないといった問題があるのではないかと思いました。

Answer 2

単純に階層が違うからではないでしょうか。
/home/hoge/hal2vg/sg2vgproto.cpp
/home/tuti/vg/src/stream.hpp

この状態でstream.hppを読むにはパスが通っていなければならないと思いますが。
参考サイト：https://qiita.com/DQNEO/items/4e5c2eca2761ec08b922