Eclipse+Android SDKの時代からぼちぼちとAndroidソフトの開発をしていた者です。
Android Studioでもgitのクローンはできますし、NDKの利用も当然できます。
これから始められるのであれば、迷う必要は無く、Android Studioでの開発を絶対にお薦めします。Android開発の為にEclipseと併用する必要性は皆無と言って良いです。Eclipse時代のサンプルソース等を使いたい場合は、Android Studioで空のプロジェクトを作った後に、該当のソースをコピペした方がEclipseのプロジェクトをAndroid Studio用に移行するより早いです。その時に問題が出た場合は、使っているクラスのメソッドが非推奨(deprecated)のものであったり、コードの記述方法が古かったりするものです。
何よりEclipseでは今現在正しくインストールできるAndroid SDKはサポートされていないので、インストールを正しく終えることもおぼつきません。
また、Eclipseを利用しての質問には、ほとんどの方は答えられない、と言いますか、「まず、Android Studioへ移行しろ。」とアドバイスを受けるかと思います。何故ならば、回答者はそのEclipseの開発環境では適切なアドバイスを与えられないからです。Android SDKの更新もそうですし、最新のAndroid開発のノウハウはEclipse時代の開発環境では得ることができません。