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pythonでus-asciiで書いてあるファイルを開きたい

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JyonstyK

score 6

訳あってus-asciiで書かれたファイルをpythonで開く必要があるのですが、

file = codecs.open(filename,'r',encoding = 'us-ascii')
file.read()


と書いて、インタプリタで1行ずつ実行しても、file.readを実行した時点で

unicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0x80 in position 3131: ordinal not in range(128)


というエラーが出てしまいます。read関数を呼ぶ時に内部的に型変換が起きてエラーが起きているようなので、それに代替する関数をライブラリで探しても特に見つかりません。

補足情報

python3.6
バージョン管理はanaconda
実行環境はjupyterを使っています

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回答 3

checkベストアンサー

+2

さて、そのファイルは本当に純粋なUS-ASCIIなのでしょうか。

エラーを読む限りは、「ファイル内に0x80のコードポイントが出てきて、それはUS-ASCIIとして解釈できないのでエラーとなっている」というように読めます。

バイナリエディタなどで、本当に0x80以降のコードポイントがないか確認してみてください。

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  • 2017/10/07 16:57

    このファイルは実の所A,T,C,G,.,N以外の文字は入っていないファイルなので、0x80以上のコードポイントは存在しません。今バイナリエディタで確認して見たところ、やはり存在しませんでした。
    ご指摘は有り難いのですが、そこに原因は無いと私は考えています。

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+1

ちょっと興味があったので調べてみました。
下記リンクによると文字のエンコードはOS依存のようです。
手元にus-asciiで書かれたファイルがないため確認できませんが、
localを変更することにより文字コードを開くことに対応できませんか?
[http://qiita.com/tell-k/items/9320338a7fbc7dcd52d4][リンク内容]

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  • 2017/10/07 17:13

    回答ありがとうございます。
    初めに、locale.getpreferredencoding()を試して見た所、既にLocaleが'US-ascii'になっていました。
    試しにsetlocaleを試してみた所、やはり同様のエラーが出ました。
    逆に、別のファイルをutf-8で開く処理を同じソースの中で行っているのですが、そちらも問題なく起動できました。localeのご指摘は目から鱗だったのですが恐らくこの問題に関係ないと思います。
    ありがとうございます。

    キャンセル

+1

調べてみた所参照しているファイルが、意図している塩基配列が入っているファイルではなくて.DS_storeでした。
そりゃasciiで読めずにエラー起きますよ。
完全に不注意でした。
巻き込んでしまって申し訳ありません。

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