pythonで3次元の直方体があり、直方体のセルのそれぞれが値を持っていて、それを描写する方法はありますか?
3次元配列に格納されたデータを視覚化したいということでしょうかね?
であれば、3次元散布図を用い、色に情報を持たせたヒートマップを描写するのが現実的ではないでしょうか。
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
# データは適当に作成
data = np.fromfunction(lambda i,j,k : (i+j+k), (10,10,10), dtype=float)
X,Y,Z = np.meshgrid(range(data.shape[0]), range(data.shape[1]), range(data.shape[2]))
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d', aspect='equal')
sc = ax.scatter(X, Y, Z, c=data, alpha=0.3, cmap='jet')
fig.colorbar(sc)
plt.show()

その気になればSurfaceを使ってキューブを描写したりイロイロできそうですが、とりあえず。