Git：内容が同じブランチなのに別々のコミットを指しているのでまとめる方法が知りたい

Question

git diff master develop
とやると何も出力されないので内容的には全く同じ状態なのですが、GitGraphで見るとmaster,developがそれぞれ別のコミットを指し示しております。
なんだか気持ち悪いのでこれを一本に統一したいのですがどのようなコマンドを行えばよいでしょうか。
またこのような分離はなぜ起きてしまうのでしょうか？（場合によってはよくある仕方のないことなのですか？）