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Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

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3回答

545閲覧

テキストファイル名を、別のテキストの一行目に一括して入力したいです。また、そのテキスト名に合わせて二行目に特定の数値を入力したい。

Ryosuke0524

総合スコア9

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

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投稿2023/02/08 05:54

実現したいこと

~ outputフォルダーの中に、テキストファイルが100個あるのですが、
全てのテキストファイル名を、別のテキストファイルの1行目に入れたい。
(例)にあるtest1, test2・・・を別のテキストファイルの一行目にまとめて入れたい。

-そのテキスト名に合わせて、全てのテキストファイルの中のPKMの行の4列目の数値を抽出したい。

前提

(例)
output
|-test1.txt
|-test2.txt
|-test3.txt
|-test4.txt
|-test5.txt

テキスト名(text1, text2)を別のテキストファイルの一行目に入れたいです。

実際のテキストの中身は、
一列目 二列目 三列目 4列目
name tpm cpm fpkm
TSPAN6 10 3 6
TNMD 2 5 8
PKM 6 7 5

となっており、PKMの行の4列目のみを抽出し、テキストファイルの二行目に
テキスト名に合わせて、入力したいです。

LINUXに精通している方、ご助言をお願いいたします。

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winterboum

2023/02/08 06:01

どういう出力にしたいのか、が 、わかりにくいので、見本を作ってください
Ryosuke0524

2023/02/08 07:03 編集

ご連絡ありがとうございます! 出力したいテキストは以下のようになります。      test1  test2  test3  test4  test5 PKM   5  10  11  6   7 全てのテキストファイルの中のPKMという行にある4列目fpkmを抽出できたら、とても嬉しいです!
guest

回答3

0

こういうのはperlが一番です。バイオインフォマティクスの実務を続けるならぜひ習熟しときましょう。

sh

1cd output; perl -anle '$F[0] eq "PKM" and push(@pkm, $F[3]),push(@files, $ARGV); END{print "@files\n@pkm"}' *.txt

投稿2023/02/08 07:43

KojiDoi

総合スコア13669

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ベストアンサー

出力を空白で区切るとして、

sh

1awk '$1=="PKM" {f=FILENAME; sub(/.*\//,"",f); sub(/\.txt$/,"",f); 2a=a f " "; b=b $4 " "; nextfile} 3END{print a; print b}' output/*.txt | sed 's/ $//' > output.list

投稿2023/02/08 07:09

編集2023/02/08 07:12
otn

総合スコア84421

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Ryosuke0524

2023/02/09 05:32

ありがとうございます!こちらのコマンド、完璧でした。とても助かりました。
otn

2023/02/09 05:48

END{sub(/ $/,"",a);sub(/ $/,"",b); print a; print b} と言うふうに、sedでやっている末尾空白削除をawkに取り込んでおけば良かった。
guest

0

bash

1printf ' %s\nPKM %s\n' \ 2 "$(cd output; echo *.txt | sed 's/\.txt//g')" \ 3 "$(awk '$1=="PKM"{print $4}' output/*.txt | xargs)" > result.txt

投稿2023/02/08 06:15

編集2023/02/08 08:24
melian

総合スコア19618

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