どちらを参考になさいましたか?
Atomは、開発が、進行していますので
古い情報に惑わされないようにお願いします。
もしよろしければ、私のWordPressサイトに
書きましたのでご参考になりましたら幸いです。
リンク内容
状況が、わかりかねますが、
パッケージのインストールは、本来、難しくないです。
・アンインストールをされてしまったのでしたら
別のGitHubからファイルをダウンロードしてインストールしなければ、いけません。
・インストールしたAtomのバージョンが、該当するものでなかった。
上記のような状況では、ないと推測いたしますので
・パソコンの容量のメモリーが、少ない。
・或いは、パッケージをインストールするためのクリックするところか手順を
間違えている。
のいずれかだと思います。
パッケージのインストールをする為には、
Windowsの場合、
[Ctrl]と[ ,(カンマ) ]キーを同時に押します。
次に検索します。
サイドメニューのInstallをクリックします。
japanese-menu
と入力しましてEnterキーを押しますと
検索を始めてくれますのでしばらく待ちます。
メニューバーとコンテキストメニュー、・・・・・
と文言の画面が、表示されますので
Installボタンをクリックします。
Installが、終わりましたら
今度は、Enable(英語で可能にするの意味で
プログラミングでは、有効化の意味。)をクリックして有効化します。

インストールしたいパッケージが、有効になったのを確認しまして
日本語メニューになっていませんでしたら
一旦、Atomを閉じて再起動させます。

私は、他のテキストエディタも複数インストールしていますが、
コンフリクトした事は、ありませんので
そのせいでは、ないような気が、しますので
何かの不具合が、起こっているかも知れませんですので
お時間を置いてAtomを再起動してから
再度、試してみる方が、良いかも知れませんです。
それでもエラーが、表示されるのでしたら
GitHubのをダウンロードしてインストールされた方が、良いです。
リンク内容
一度、インストールに失敗してしまうと
Windowsの場合、パッケージをインストール出来なくなる可能性が、あります。
ですのでGitHubでダウンロードしてお使いになる事をおすすめします。
Atomで通常にインストールされなくて
エラー表示されるのでしたら
Windowsでは、パッケージを手動でインストールします。
先ずは、マイドキュメントなどで解凍します。
展開したフォルダを置く場所は、下記になります。
もちろんフォルダのまま格納しておきます。
パッケージの格納場所は、
$HOMEの.atom/packagesにあるので具体的には、
C:\Users\パソコンのユーザー名.atom\packages
このようになります。

尚、私は、テキストエディタを複数使っていますので画像では、
テキストエディタBracketsが、関連していますので混同なさらないようにお願いします。
ここにないお好きなパッケージを手動で格納して
通常のようにAtomを起動させてパッケージのインストールを試みます。
そうしますと画面に表示されますので
インストールしてEnable(プログラミングでは、有効化の意味です。)
を押して有効化にします。
Atomでのパッケージをインストールする方法については、以上です。