ReadMeなど見ながらやってみました。pythonなどを実行するためのパッケージとしてscriptパッケージを使っています。(日本語メニューのパッケージはインストールしてません。もし日本語メニューをインストールされているのであれば、メニュー名などは適当に読み替えてください。)
File->Settingsを選ぶとSettingsという項目が表示されます。そこにインストール済みのパッケージが並んでいるのでその中からscriptを探し「Settings」ボタンを押します。
そこには数項目の設定しかない(Default Current Working Directory Behaviorとか)が、その下にREADMEが表示されているのでそこを読みますと、設定をカスタマイズする方法が書いてあります。以下その方法に従ってやってみた方法を記します。
pythonのスクリプトファイルを最前面に表示した状態(※3)でPackages -> Script -> Configure Scriptを選ぶと、ダイアログが表示されます(※2)。そのダイアログの「Command」にpython3の実行ファイルのパス(自分の環境ではC:/Progfile Files/Python36/Python")を入力し他の項目は空欄のままでSave as profileボタンをクリックします。すると設定名の入力を促されるのでそこへ適当な設定名(python3など)を入力しENTERを押します。すると、設定名の一覧が表示され下に「Cancel」「Rename」「Delete」「Run」というボタンがあるダイアログが表示されるので作成した設定名を選んで「Run」を実行します。
これでpython3で実行できました(※1)。しかし・・・Conrol-Shift-bで実行するとデフォルトの設定(?)で実行されてしまうようです。面倒ですが、Pakcages->Script->Run with profileを選んで設定名を明示的に選んでRunとするとそれが適用されると思います。デフォルトの設定を変える方法まではわかりませんでした。
※1: 基本的にpython.exeの場所を明示的に指定して実行すればsys.path(pythonのモジュールを探すために使われるパス情報?)はバージョンごとに適切に切り替わると思うのですが、必要に応じて(※2)のダイアログ上の「Environment Variables」にPYTHONHOMEやPYTHONPATHを指定すると明示的にそれを補えるようです。その辺りの話はatomの話ではなくpythonそのものの話になると思います。
もし主にpython3を実行するのであればatomの設定ではなくWindowsの環境のデフォルトをpython 3系向けに設定したほうが簡単な気がします。つまりコマンドプロンプトでpython --version
とした際にPython 3.x.x
と表示される状態にするわけです。多分atomはデフォルトでPATH上にある最初に見つかったpython.exeを動かすようになっている気がしますので。
※3: 拡張子が.py以外のファイルが最前面にある状態でPackages->Script->Configure Scriptを選んでしまうと「pythonの実行設定になりません」。ダイアログ自体は表示されますが設定をセーブしようとしても意味不明なエラーが発生したりしますのでご注意を。
Atom/Pythonに明るくないので間違いなどあるかも知れません。その際はご容赦ください。
補足:
始めatom-runnerパッケージをインストールしてみたのですが、動作が安定してないようだった(Alt-rで最初は実行されたのだが、どうかすると実行されなくなってしまった)のでDisableして上記のscriptパッケージをインストールしました。