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Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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系統樹の葉の部分に情報のリンクを貼りたい

kaisyma

総合スコア13

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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投稿2017/07/05 13:26

微生物の系統樹を描き、そこに情報のリンクを貼る方法を探しています。
biopythonを使って、微生物の遺伝子の距離情報(.dndファイル)から系統樹を書くと、figureで系統樹が表示されます。
この系統樹の先(leaf)1つ1つが微生物名になるのですが、その微生物名にリンクを貼り、その微生物の情報としてwordやexelを表示できるようにするプログラムを組みたいと思っています。
しかし、figureで表されている系統樹にリンクを貼る方法がどうしてもわかりません。できればpythonですべて書いていきたいと思っています。インターネットで調べると、ETEを使って系統樹にリンクを貼る方法が出てきますが、Windowsには対応しておらず、困っています。
Windowsで、系統樹にwordなどのファイルのリンクを貼る方法をご存知の方がおられましたら、是非ご教授頂きたく、よろしくお願いします。

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ベストアンサー

pythonの事は良く知らないのですが、biopythonのドキュメントを見るとどうやらsvg出力に対応しているようですから
0. 系統樹をsvgファイルとして出力
0. できたsvgファイル(svgの中身はxmlファイル)のleaf部分をファイルのダウンロード用のリンクに置換

という手が使えるかも知れません。
参考: インラインSVGの中の要素にリンクをつける方法

あるいはPhylo.draw_asciiというのが在るようですので
0. テキストベースの系統樹を出力
0. できたファイルを htmlに変換して
0. leaf部分をファイルのダウンロード用のリンクに変える

という作戦でどうでしょう?

投稿2017/07/05 14:35

KojiDoi

総合スコア13671

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kaisyma

2017/07/06 13:24

早々にご回答頂き、誠にありがとうございます。 教えていただいたとおり、系統樹をsvgファイルに変換し、保存し、そのsvgファイルをwebブラウザにドラッグして系統樹を表示するところまでできました。 しかし、私はプログラミング初心者で、これから先のsvgファイルにリンクをつけるところがよくわからないのですが、htmlのコードをあたらしく組むということでしょうか? 現状は、pythonで系統樹をsvgファイルにするまでのコードを書いているのですが、その下にhtmlのコードを書いていくイメージであっているのでしょうか。 的外れな質問でしたら申し訳ありません。とり急ぎhtmlを勉強しようと思っておりますが、ご助言いただけると幸いです。
KojiDoi

2017/07/06 13:46

svgの''中''にリンクを書き足すことでクリッカブルマップを作れるということです。 上で提示したwebページの中に demoへのリンクがあります。 そのhtmlソースを見ればイメージが捉めると思います。
kaisyma

2017/07/08 13:41 編集

詳しく教えて頂き、誠にありがとうございました。頑張ってやってみます。
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