開発環境は主にEclipseを使っています。他にもNetBeansを使うのも有りだと思います。
どちらもWindowsで使えます。
・Eclipse
良いところ:広く使われているので情報が多いところでしょうか。プラグインを選択するのがちょっと大変かもしれません。用途によって異なるEclipseパッケージをインストールするのがお薦めです。本家サイトのならJavaEEのものが良いですが、本家ではないPleiadesというパッケージを使うと日本語化を含む便利なプラグインが最初からたくさん入っていますので、こちらのほうが楽ですね。
悪いところ:プロジェクトの規模が大きくなりすぎて進化が遅いような気がします。
・NetBeans
良いところ:最初から多くの機能が標準で使えるオールインワンタイプなので、特にJavaEE開発ならプラグインで迷うことが無いと思います。
悪いところ:たまに使うのですが、どうも操作がしっくりこないです。完全に主観ですけどね。
(ここでは関係ないですがVisual Studioはそんなに使いにくいと思わないので、NetBeansが何かあるってことなんじゃないかと...)
参考:
Javaの統合開発環境 (Wikipedia)
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