windows版PHPで開発するとLinuxサーバ上でうごかない
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Windows ならファイルの大文字小文字は同一視されますが Linux だとそうではありません。
そのため AAA を aaa として開いていたりすると Linux で動きません。
int のサイズ
Windows だと x64 でも int は 32 ビット符号付き整数ですが、Linux で x64 だと int は 64 ビット符号付き整数です。
int が 32 ビット符号付き整数の前提でコードを書いていると Linux で動きません。
（ただ、これは逆のパターンの方が多いです）
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ディレクトリやファイルを読み書きする時が一番問題が出やすいかと思います。
Windowsではファイルが生成できるのに、Linuxでは出来ない、
ディレクトリのパーミッションで書き込み権限がなかった、ってのは割とあります。
あと意外に盲点で誰でも１度は必ず嵌るのが、Windowではファイル名の大文字小文字を区別しない問題で、
Windowsローカルでは動作しているのに、Linuxに行ったら原因不明のエラーが出る、
調べてみたら、拡張子.jpgを想定していたが、hogehage.JPGが入力されていた的なものがあります。
Windowsのみの定数とかがひっかかることもあるかもしれませんが、私はお目にかかったことはないです。
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最近はありませんが、Win, Mac, Linux混在環境で、文字コードや改行コードが違っていてモメた事があるのを思い出しました。
エンジニア同士では認識していても、デザイナーさんがテンプレートの文字コードを意識せず上げて来たので、一瞬表示が大変な結果になり、皆で「おーい」となったのを覚えています。
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