社内SEやっていた者です。
Excelですっごい単純なシステム作ったり、数億かけたシステム運用したりしてました。
その経験から言うと、市販のパッケージで何とか運用できるなら、作ったら負けです。
というのも、パッケージソフトにもよりますが、数万円から、数百万円です。
2万円程度のパッケージソフトと機能が同等のものを作るのに、1日以上かけては採算が合わない計算になるからです。(細かいこと言えば、パッケージソフトを買うにもそれなりの時間がかかるので一概には言えないのですが大体においてそんな感じです。)
もっと高いものになると余計にそうなる傾向が強いです。
それでも作らなければならない場合もあります。要件が特殊で必須条件がパッケージでは満たせない場合です。その場合は、まず本当にその要件は必要か関係部署と検討して見る必要があります。効果が薄いのに独自のルールを使ってる場合も多いのです。
それでも作るとなったら、後でメンテナンスの手間(コスト)をかけることを念頭に作りましょう。システムのプロに依頼したらその辺も考慮してもらえると思います。
そして、結論として業務でのご利用であれば自作はおススメできません。(メンテナンスを自身でやるのはとても良いことだと思います。)
もし、趣味的なものであればDBがなんであっても特に問題ないし、データの量や要件によってはmysqlでも問題ない場合もあります。ちなみに、データが思った通りに出てこなかったのはDBの種類は関係がないと思います。mysqlで運用している商用のサービスも多くあります。