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Jupyter notebookでRを実行できる環境を作りたい

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rakuda1007

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前提・実現したいこと

OS:Windows7
Jupyter notebookを使って、Rを実行できる環境を作りたい

発生している問題・エラーメッセージ

Jupyter notebookで新規notebook作成でRを指定して、
Rのコマンドを実行すると、次のようなメッセージがでる。

エラーメッセージ
Kernel Restarting
The kernel appears to have died. It will restart automatically.

該当のソースコード

1+1

補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)

pythonはPython 3.6.0
https://www.python.org/downloads/からインストール
※anacondaでの一括インストールはしておりません。

Rはversion 3.2.2
Rstudioもインストールしています

試したこと

既にR(Rstudioから実行)、python(WindowsPowerShellから呼び出して実行)を利用している環境で、あらたにJupyterを利用したいということで、以下を実施。

  1.   pip install "ipython[notebook]"

この状態でJupyterからPythonを実行することはできるようになりました。

  1.   Rstudioのコンソール画面から以下をたたいた
    install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'), repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

package ‘repr’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘IRkernel’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘IRdisplay’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

と表示され、うまくいったようにみえた。

  1.   Rstudioのコンソール画面から以下をたたいた
    IRkernel::installspec()

[InstallKernelSpec] Removing existing kernelspec in C:\XXXXXXXX\AppData\Roaming\jupyter\kernels\ir
[InstallKernelSpec] Installed kernelspec ir in C:\XXXXXXXX\AppData\Roaming\jupyter\kernels\ir
と表示されうまくいったようにみえる

  1.   Widows Power Shellから以下をたたく

jupyter notebook

すると、ブラウザが起動しJupyterが立ち上がる。
ここで新規作成のために「New」を選ぶとプルダウンメニューに「R」が表示される。

5.セルに「1+1」とうちCtrl+Enterをするとエラーメッセージが表示され実行できない

PythonもRもよくわかっていない状況で検討違いもあるかもしれませんが、
教えていただけると助かります。よろしくお願いいたします。

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回答 2

+1

以前、古い IRkernelをインストールした際におなじ現象が起きたことがあります。
試しに、githubのrepository より最新のIRkernelパッケージをインストールしてみてください。

インストールの方法は、

remove.packages(c("IRkernel", "IRdisplay"))

を実行して IRkernelとIRdisplayのパッケージを削除したのち

install.packages("devtools")

library(devtools)

install_github("IRkernel/IRdisplay")

install_github("IRkernel/IRkernel")

にてgithubより直接インストールできます。

ちなみに、今日現在(2017/3/30)のパッケージのバージョンを確認したところ

> packageVersion('IRdisplay')
[1] ‘0.4.9000’
> packageVersion('IRkernel')
[1] ‘0.8.6.9000

となっておりました。

上記のバージョンのIRKernelを使用し、
Windows7 + Python 3.5.2
の環境下で確認したところ、Jupyter Notebook / Jupyter Lab 共に問題なく R kernel が動作しております。

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check解決した方法

0

アドバイスいただいた
>remove.packages(c("IRkernel", "IRdisplay"))
によるIRkernelとIRdisplayのパッケージを削除したのち、次を実行することで環境構築できました。

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest')) 
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel') 
IRkernel::installspec()

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