EmacsとWindowsでは「ウィンドウ」の意味するところが違いますが、Windowsからリモートログインする際の話題のようでしたので、Windows側の概念と判断して回答します。違ってたらすみません。
Emacsはコンソールモードで起動しているのでしょうか、それともX経由で起動しているのでしょうか?
コンソールモードで起動しているのなら、「ファイルの編集をしつつ、シェルも使いたい」という意図かとおもいますので、C-x 2でバッファを2つにして、さらに一方でM-x shellすれば良いかと。純然たるシェルではないですが、これはこれで便利です。
X経由で起動しているのなら、「Emacsを起動した後のコマンドライン側がコマンドを受け付けない」のが不満なのかもしれませんね。だとするとコマンドラインでC-zしたあとfgを実行してemacsをバックグラウンドにしてしまえばコマンドラインも引き続き使えるようになります。
前者の場合のもうひとつの方法はscreenの中でemacs -nwを実行する手もあります。
何にせよ、別ウィンドウにして何をしたいのかも書かれると、ご要望に近い回答が得られるのではないでしょうか。
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