難しい質問ですね...同じく明確な回答ではあませんが、Cakephp3を1年以上やってきたので、個人的な見解を書いてみます。
まず、「どうしてもuseを使わなければ同じ動作をするコードを書けない」という例は見たことはありません。またuseの仕方に関するコーディング規約も見たことありません。(ただし、自分はこういった点にわりと無頓着なのであまり参考にならないかもです)
普段、Cakephp3で開発する場合は原則useを使っています。そうしている厳密な理由はありませんが、個人的には依存関係がわかりやすいので、この方法が悪いとも思いません。useが多くて読みづらいと感じたことはありません。というか、Cakephp3はTableクラスへのアクセスは、loadModel等でできるのでuseする必要がないので、そんなにたくさんuseする機会はないと思います。もしuseが多いクラスがあった場合、そもそも依存関係が多すぎるのはクラス設計上の問題かもしれません。
なお、例外的に以下の場合は完全修飾形式にした方がいいかなぁと最近思っています。
特に引数を特に使うわけではなく、単に親クラスのメソッドに渡すだけだったりする場合は、useを使わないほうが自然な気がしています。そもそも型を省略できたらいいのですが...
NotFoundExceptionやInternalErrorExceptionなどのException系のクラスはどのクラスでも使われがちだし、useで宣言し忘れることがあるので、完全修飾形式で書いたほうがいい気がしています。(実践はしていません)
※HashやInflectorなどの便利系クラスも同様かも(特にビュー側で使う場合は)
なお、Cakephp3自体のコードもそこそこ読んできましたが、原則useを使って書かれていると思います
自分は普段vimで開発していますが、IDEなどを使えば、useなどは半自動的に入力されて、普段は非表示にしたりなどすれば、この辺のわずらわしさも解消されるかもしれませんね。
乱文ですみませんが、参考になれば幸いです。自分はあまり詳しくはないので、間違った認識があれば、ご指摘ください。
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