可能です。
保存したいフォルダのパスを記述すればOKです。
現在の作業フォルダーを変更する必要はありません。
Matlab csvwriteのドキュメントにある例を使用して説明します。
以下に定義される行列 m を cvxlist.datに保存してみます。
datファイルの置き場所を /Users/MyMac/Documents/MATLAB に設定したい とします。
m = [3 6 9 12 15; 5 10 15 20 25;7 14 21 28 35; 11 22 33 44 55];
csvwrite('/Users/MyMac/Documents/MATLAB/csvlist.dat',m)
どこで作業していても保存先の絶対パスを指定しておけばOKです。