tableViewのsectionとsectionの間に白いseparatorが出る（背景が暗い時）

とりあえずこちらで確認したコードを貼っておきます。

おそらくseparatorに何かしらの処理をしている様にみえますが（左のマージンが無いため）それが影響しているのかも？
それとカスタムしているCellを使用しているのでしたら、コードを見ないとこちらでは再現しないため分かりません。

import UIKit

class ViewController: UIViewController, UITableViewDelegate, UITableViewDataSource {

    typealias sectionType = [(HeaderVew: UIView, height: CGFloat)]
    @IBOutlet weak var tableView: UITableView!

    // Section Data
    let sectionTitleArray = ["section1", "section2"]
    var sectionItemArray: [(HeaderVew: UIView, height: CGFloat)] = Array()

    // Data Array
    var dataArray1 = ["row","row","row","row","row"]
    var dataArray2 = ["row","row","row","row","row"]
    var dataArrayGroup: [[String]] = []

    override func viewDidLoad() {
        super.viewDidLoad()

        // Create Data
        dataArrayGroup = [dataArray1, dataArray2]

        // Create Section Header Data
        sectionItemArray = self.generateSectionHeader(sectionTitleArray, parentView: self.view)

        tableView.tableFooterView = UIView()
        tableView.estimatedRowHeight = 20
        tableView.rowHeight = UITableViewAutomaticDimension
    }

    // Generate Section Header Data
    func generateSectionHeader(titleArray: [String], parentView: UIView) -> sectionType {
        var sectionHeaderArray = sectionType()
        for sectionTitle in titleArray {
            if sectionTitle.isEmpty {

                // No Section Header
                sectionHeaderArray.append((HeaderVew: UIView(),height: 0))
            } else {

                // Create Section Header
                let sectionBaseView = UIView(frame: CGRectMake(0, 0, parentView.frame.size.width, 25))
                sectionBaseView.backgroundColor = UIColor(red: 0.9843, green: 0.0, blue: 0.5451, alpha: 1.0)
                let headerLabel = UILabel(frame: CGRectMake(10, 0, parentView.frame.size.width - 20, 25))
                headerLabel.text = sectionTitle
                headerLabel.textColor = UIColor.whiteColor()
                headerLabel.font = UIFont.boldSystemFontOfSize(17)
                sectionBaseView.addSubview(headerLabel)
                sectionHeaderArray.append((HeaderVew: sectionBaseView,height: 25))
            }
        }
        return sectionHeaderArray
    }

    // MARK: - TableView Delegate & DataSource

    // Section Header View
    func tableView(tableView: UITableView, viewForHeaderInSection section: Int) -> UIView? {
        return sectionItemArray[section].HeaderVew
    }

    // Section Header Height
    func tableView(tableView: UITableView, heightForHeaderInSection section: Int) -> CGFloat {
        return sectionItemArray[section].height
    }

    // Section Count
    func numberOfSectionsInTableView(tableView: UITableView) -> Int {
        return dataArrayGroup.count
    }

    // Row Count
    func tableView(tableView: UITableView, numberOfRowsInSection section: Int) -> Int {
        return dataArrayGroup[section].count
    }

    // Generate Cell
    func tableView(tableView: UITableView, cellForRowAtIndexPath indexPath: NSIndexPath) -> UITableViewCell {
        let cell = tableView.dequeueReusableCellWithIdentifier("Cell", forIndexPath: indexPath)
        cell.textLabel?.text =  dataArrayGroup[indexPath.section][indexPath.row]
        cell.textLabel?.textColor = UIColor.whiteColor()
        cell.backgroundColor = UIColor.blackColor()
        return cell
    }
}

読み込んでいるxibファイルのbackgroundをブラックにすると、線が消えた。