質問投稿からかなり時間が経ってしまっていますが、
もしかしたらまだ解決してないかも知れないので回答しておきます。
おそらくMacですよね?
他のOSでも同じだと思いますが、とりあえずこれで解決できました。
ただし、これを実行した場合、開いていたプロジェクトフォルダーの情報は消えてしまいます。
つまり、開いているプロジェクトフォルダーの情報がapplication.json
に書かれています。
他にも副作用があるかも知れませんが、ご了承のうえで実施してください。
1. Atomを終了させる
2. ${HOME}/.atom/storage/application.json というファイルを退避させる
(リネームするか、他の場所に移す)
3. Atomを起動する
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