fit()を使うとカーネルが異常終了してしまう時の解決策

実現したいこと

pythonでSEMを行いたく、学習器を用意し実行すると、カーネルが異常終了してしまうようになってしまいました。そこまでの工程はうまくいっているのですが…
解決策等ありましたらご教授ください。。

コード

python
1import numpy as np
2import pandas as pd
3import matplotlib.pyplot as plt
4from see import see
5
6import semopy
7from semopy import Model
8
9#ファイル読み込み
10s_q = pd.read_csv("study_questionare.csv", index_col = 0)
11
12#型の変換
13s_q_f = s_q.astype(float)
14
15#モデルの定義
16desc = '''
17    #measurement model
18    家庭環境 =~ 収入 + 親のしつけ + 合格有無
19    知的能力 =~ 暗記力 + 計算力 + 文章読解力 + 合格有無
20    学習方法 =~ 学習時間 + 計画的学習 + 繰返し学習 + 合格有無
21    
22    #regressions
23    知的能力 ~ 家庭環境 + 学習方法
24    '''
25#学習器を用意
26mod = Model(desc)
27#学習結果を代入
28res = mod.fit(s_q_f)

補足情報

QiitaのPythonでのSEMのやり方のサイトを見ながらやっています。
https://qiita.com/h-fkn/items/4a44559748e0ef4a2c4a

パソコン自体の容量が1GBを下回っていたのですがこれも関係しているのでしょうか？

追記：2021/12/20 07:58
容量を3GBまで飽きましたが解決しませんでした…
学校用のデバイスなので下手にいろいろなものを消せなくてこれくらいが限界です。

jbpb0

2021/12/19 23:19

condaとpipのキャッシュを削除したら、もう少し容量が増えると思います https://www.sukerou.com/2021/03/anaconda.html https://www.curict.com/item/5e/5ed1a4b.html

jbpb0

2021/12/19 23:22

> カーネルが異常終了その時に何か表示されるなら、質問を編集してそれを追記してください

minamin24

2021/12/19 23:32

教えていただいたURLを参考にキャッシュを削除してみましたが状況は変わりませんでした… 実際に出てくるエラー画面を載せておいたのでみていただけると幸いです。

jbpb0

2021/12/19 23:33

jupyterを起動したターミナルに、何かエラー的なものが表示されてませんでしょうか？

minamin24

2021/12/19 23:36

[I 08:34:22.490 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5), keep random ports kernel 1abbe201-6b0b-4593-8c67-5960338e4804 restarted このような文章が出てきました。

jbpb0

2021/12/19 23:40

それ以外に、その前後に何か表示されてませんか？

minamin24

2021/12/19 23:45

[I 08:42:24.071 NotebookApp] Jupyter Notebook 6.4.6 is running at: [I 08:42:24.071 NotebookApp] http://localhost:8888/?token=d9f7a32e0110354d58ec4683f0dd4d62962e2ded350debc3 [I 08:42:24.071 NotebookApp] or http://127.0.0.1:8888/?token=d9f7a32e0110354d58ec4683f0dd4d62962e2ded350debc3 [I 08:42:24.071 NotebookApp] サーバを停止し全てのカーネルをシャットダウンするには Control-C を使って下さい(確認をスキップするには2回)。 [C 08:42:24.093 NotebookApp] To access the notebook, open this file in a browser: file:///Users/ev90051/Library/Jupyter/runtime/nbserver-12913-open.html Or copy and paste one of these URLs: http://localhost:8888/?token=d9f7a32e0110354d58ec4683f0dd4d62962e2ded350debc3 or http://127.0.0.1:8888/?token=d9f7a32e0110354d58ec4683f0dd4d62962e2ded350debc3 [W 08:42:35.160 NotebookApp] Notebook 中村ゼミ　プログラム/Pythonプログラム/study_questionare.ipynb is not trusted [I 08:42:35.714 NotebookApp] Kernel started: ffee2f12-caa7-45fa-a82e-c732989e28f1, name: python3 [I 08:42:56.710 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5), keep random ports kernel ffee2f12-caa7-45fa-a82e-c732989e28f1 restarted 再度開きなおしたのでさっきと若干状況は変わっていますが、こんな感じです。

jbpb0

2021/12/19 23:47

https://qiita.com/h-fkn/items/4a44559748e0ef4a2c4a の例を、データも同じでそのまま実行した場合でも、そのエラーが出るのでしょうか？

ppaul

2021/12/19 23:50

Jupyterを使わずにターミナルから起動すると、多少はメモリ消費が減ります。

minamin24

2021/12/20 00:02

→jbpb0さん同じようにカーネルが異常終了してしまいます。

minamin24

2021/12/20 00:03

→ppaulさんそれも考慮に入れてやってみたいと思います！

jbpb0

2021/12/20 00:18

ターミナルだと、jupyterでは表示されないエラーメッセージが表示されるかも

minamin24

2021/12/20 00:31

https://qiita.com/h-fkn/items/4a44559748e0ef4a2c4a このURLのコードをCotEditorにコピーしてターミナルで実行したところ、以下のようなエラーが出てきました。 # measurement model ind60 =~ x1 + x2 + x3 dem60 =~ y1 + y2 + y3 + y4 dem65 =~ y5 + y6 + y7 + y8 # regressions dem60 ~ ind60 dem65 ~ ind60 + dem60 # residual correlations y1 ~~ y5 y2 ~~ y4 + y6 y3 ~~ y7 y4 ~~ y8 y6 ~~ y8 INTEL MKL ERROR: dlopen(/opt/anaconda3/lib/libmkl_core.1.dylib, 9): no suitable image found. Did find: /opt/anaconda3/lib/libmkl_core.1.dylib: code signature invalid for '/opt/anaconda3/lib/libmkl_core.1.dylib' /opt/anaconda3/lib/libmkl_core.1.dylib: stat() failed with errno=22. Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_core.1.dylib.

jbpb0

2021/12/20 01:02 編集

> Cannot load libmkl_core.1.dylib. Anacondaの、MKL関連の環境が壊れてるようなそれ直さないと、semopyだけじゃなく、いろんなものがちゃんと動かないと思いますよ > 学校用のデバイスなので下手にいろいろなものを消せなくて詳しい人に、上記のターミナルのエラーを見せて、対処してもらうのをお勧めします

minamin24

2021/12/20 01:31

貴重なお時間を割いていただいて本当にありがとうございます！もう少し色々やってみてダメだったらまた質問を掲載したいと思います。