forループで回した各値を保存してグラフ化したい

Question

データフレームに保存してあるリストのデータを各値を変数として数値計算したものを出力したものを格納（リスト化）してグラフにしたいです．
各値はforループで出力できるのですが，その値を ．append（） を用いて保存しようとしてもエラーがおきてしまいます．

σD[]とσA[]はCSVファイルから取ってきたものを配列にしました．
kA,kFRET,kD,Iは別の場所で計算した数値です．
ちなみに
kA =333333333.3333333
kD =256410256.4102564
kFRET = 22988510524.344707
I = 30

醜いコードで申し訳ないです．足りないところがあれば教えてください．

#吸収断面積
import pandas as pd
df = pd.read_csv('Alexa Fluor 594 spectrum.csv')

f = lambda x: ((3.823e-23)*805*x)#ε=εA/maxドナーのモル吸光係数

df['Excitation'].apply(f)

σD = []
σD = df['Excitation'].apply(f)


print(σD) #吸収断面積（ドナー）を入手

df = pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')

f = lambda x: ((3.823e-23)*2500*x)#ε=(εAモル吸光係数のピーク/max励起スペクトルのピーク)

df['Excitation'].apply(f)

σA = []
σA = df['Excitation'].apply(f)


print(σA) #吸収断面積（アクセプタ）を入手


λ = []
E1_analy = []
E2_analy = []#グラフ用配列を用意

λ = 0

while λ < 650:
    
    E1_analy = σD[λ]*I/(kFRET+kD)
    E2_analy = (1/kA)*(kFRET*E1_analy+σA[λ]*I)
    
    λ += 1
    
    E1_analy.append()
    E2_analy.append()

    print(λ)
    print(E1_analy)
    print(E2_analy)
    
    
    
plt.plot(λ,E1_analy)
plt.plot(λ,E1_analy)
plt.legend()
plt.show()

---

AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-105-5a762b03f8b9> in <module>
12 λ += 1
13
---> 14 E1_analy.append()
15 E2_analy.append()
16

AttributeError: 'numpy.float64' object has no attribute 'append'

Comments

[1T2R3M4]

AttributeError: 'numpy.float64' object has no attribute 'append'
の意味は理解されていますか。

[taketake1108]

計算結果が少数なのでappendの性質上使えないという意味ですかね．

[jbpb0]

E1_analy = σD[λ]*I/(kFRET+kD)
E2_analy = (1/kA)*(kFRET*E1_analy+σA[λ]*I)
↓ 変更
tmp = σD[λ]*I/(kFRET+kD)
tmp2 = (1/kA)*(kFRET*tmp+σA[λ]*I)

E1_analy.append()
E2_analy.append()
↓ 変更
E1_analy.append(tmp)
E2_analy.append(tmp2)

print(E1_analy)
print(E2_analy)
↓ 変更
print(tmp)
print(tmp2)

で、どうでしょうか？

【追記】
上記は、
> 'numpy.float64' object has no attribute 'append'
の対策のみです
「λ」も、計算に使った数値を全部格納するリストを作ってそれに格納しておかないと、上記エラーが直っても、「plt.plot(λ,E1_analy)」でエラー出ると思います

[taketake1108]

ありがとうございます！やってみたのですがやはりfloatなので計算できない表示されてしまいます．
---> 10 tmp2 = (1/kA)*(kFRET*E1_analy+σA[λ]*I)
11
12 λ += 1

TypeError: can't multiply sequence by non-int of type 'float'

[jbpb0]

tmp2 = (1/kA)*(kFRET*E1_analy+σA[λ]*I)

ではなくて

tmp2 = (1/kA)*(kFRET*tmp+σA[λ]*I)

です

【追記】
下記はエラー出ずに計算できます

kA =333333333.3333333
kD =256410256.4102564
kFRET = 22988510524.344707
I = 30

σD = [0, 0, 0]
σA = [0, 0, 0]
E1_analy = []
E2_analy = []

λ = 0
tmp = σD[λ]*I/(kFRET+kD)
tmp2 = (1/kA)*(kFRET*tmp+σA[λ]*I)
E1_analy.append(tmp)
E2_analy.append(tmp2)

λ += 1
tmp = σD[λ]*I/(kFRET+kD)
tmp2 = (1/kA)*(kFRET*tmp+σA[λ]*I)
E1_analy.append(tmp)
E2_analy.append(tmp2)

上記はwhileループにはしてませんが、whileループの最初の2回と実質同じですから、ループでもっと回しても大丈夫なはずですよね

[taketake1108]

ありがとうございます！何とか数値結果は出てきました！大変参考になりました．λを同じようにリストに格納するにはfor文の中にλ.append(λ)を入れたのですが---> 15 λ.append(λ)
16 E1_analy.append(tmp)
17 E2_analy.append(tmp2)

AttributeError: 'int' object has no attribute 'append'
となってしまいました．tmpを用いてどっかに格納するべきなのでしょうか？

[jbpb0]

ループ内で計算に使った「λ」を全部格納するリストの名前は、「λ」ではダメです
他の名前で作っておかないと

λ = []
↓ 変更
λall = []

λ += 1
のすぐ上に下記を追加
λall.append(λ)

plt.plot(λ,E1_analy)
plt.plot(λ,E1_analy)
↓ 変更
plt.plot(λall, E1_analy)
plt.plot(λall, E2_analy)

みたいな感じ
(実行させて確認してないので、何か見落としがあるかも)

[jbpb0]

あと、

λ += 1

は

print(λ)

よりも後にしないと、printで表示されるのが一つずれますよ

[taketake1108]

ありがとうございます！
参考にしたらグラフを出力することができました！！感謝感謝です！

Answer 1

折角ですからデータフレームを使ってみます。

import matplotlib.pyplot as plt
import pandas as pd

λex = 1
kA = 333333333.3333333
kD = 256410256.4102564
kFRET = 22988510524.344707
I = 30 

#吸収断面積
df = pd.read_csv('Alexa Fluor 594 spectrum.csv')
σD = df['Excitation'] * (3.823e-23)*805
E1_analy = σD*I/(kFRET+kD)

#吸収断面積（アクセプタ）
df = pd.read_csv('Cy5 spectrum.csv')
σA = df['Excitation'] * (3.823e-23)*2500
E2_analy = (1/kA)*(kFRET*E1_analy+σA*I)

#描画
E1_analy.plot(label='Excitation(E1)')
E2_analy.plot(label='Excitation(E2)')

plt.legend()
plt.show()

※ λex が未定義です

Comments

[taketake1108]

回答ありがとうございます！ただλexが0から649まで変化していったときのE1_analyとE2_analyを取得したいです．appendではうまくいかない（計算結果が少数float型だからか）ようなので何に保存したら良いのかよくわからなくて，，，

[melian]

ええと、λex が変化しても E1_analy と E2_analy は全く変化しません。

[taketake1108]

σD[λ]σA[λ]となっておりλの値で変化するようになっています！分かりづらくてすみません．

[melian]

すみませんが、おっしゃっている意味がよく判りません。。。できれば質問に記載されているプログラムコードを変更して下さい。

Answer 2

λ = []

↓ 変更

λall = []

　.

    E1_analy = σD[λ]*I/(kFRET+kD)
    E2_analy = (1/kA)*(kFRET*E1_analy+σA[λ]*I)

↓ 変更

    tmp = σD[λ]*I/(kFRET+kD)
    tmp2 = (1/kA)*(kFRET*tmp+σA[λ]*I)

　.

    E1_analy.append()
    E2_analy.append()

↓ 変更

    λall.append(λ)
    E1_analy.append(tmp)
    E2_analy.append(tmp2)

　.

    print(E1_analy)
    print(E2_analy)

↓ 変更

    print(tmp)
    print(tmp2)

　.

plt.plot(λ,E1_analy)
plt.plot(λ,E1_analy)

↓ 変更

plt.plot(λall, E1_analy)
plt.plot(λall, E2_analy)

　.
下記を「while λ < 650:」ループの最後に移す

    λ += 1

Answer 3

AttributeError: 'numpy.float64' object has no attribute 'append'

'numpy.float64'の変数には、'append'というアトリビュートは存在しません、とおっしゃってます。
これをどーにかしよう