2回に分けてプルリクを出したが、2回目のプルリクに既にマージされた1回目のプルリクのコミットが含まれている。

evdev-rs というライブラリにプルリクエストを出しました。

プルリクエストを2回に分けて出そうと思い、次のようなことをしました。

GitHubでリポジトリ(ndesh26/evdev-rs)をフォークする(nanikamado/evdev-rs)
ローカルにクローンし、fix-header-dirというブランチを作成する
fix-header-dirで1件コミットする
fix-header-dirからimpl-ordというブランチを作成する
impl-ordで1件コミットをする
fix-header-dirとimpl-ordの内容を(nanikamado/evdev-rs)にプッシュする
GitHubで元のリポジトリ(ndesh26/evdev-rs)に対してfix-header-dirをプルリクエストに出し、マージされる(https://github.com/ndesh26/evdev-rs/pull/78)
GitHubで元のリポジトリに対してimpl-ordをプルリクエストに出す (https://github.com/ndesh26/evdev-rs/pull/79)

上記のことをした後、2回目のプルリクエストの画面で "Files changed" のタブを見てみると、1回目の既にマージされたはずの変更が差分に含まれていました。また、プルリクエストに含まれるコミットの数が1件になることを期待していたのですが、1回目のプルリクエストに入れたコミットも含まれていて、2件になっていました。

これを再現しようと思い、GitHubにテスト用プライベートリポジトリを作って、同じようなことをやってみたのですが、既にマージされたコミットが新しいプルリクエストにも含まれているというような状況を再現することはできませんでした。

なぜ1回目のプルリクエストの内容が2回目のプルリクエストにも含まれているのでしょうか。プルリクエストが見づらくなってしまうため、今後は同じようなことは起こしたくないのですが、どうすれば良かったのでしょうか。

プルリクエストを出すのは初めてで、いろいろなことがよく分かっていません。