あやめデータの散布図をmatplotで描画したい

Question

がくの長さ(SL)、がくの幅(SW)、花弁の長さ(PL)、花弁の幅(PW)のうちの二つを選択して縦軸・横軸とし
あやめの種類ごとに色分けした散布図を描画したいです。
コード欄のプログラムを実行すると、以下のようなエラーが表示され
点が描画されていない、軸のみの散布図が出力されました。
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C:OOOOOOOOOOOOO>python samp.py SL PL (実行コマンド)
C:OOOOOOOOOOOOO\matplotlib\collections.py:1120: UserWarning: Collection without array used. Make sure to specify the values to be colormapped via the c argument.
warnings.warn("Collection without array used. Make sure to "
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c引数でカラーマップされる値を指定する、とはどういうことなのでしょうか。
エラーがなぜ出力されるのか
またどのように改善すればよいのか教えていただきたいです。

import csv
import sys
class Iris:
	def __init__(self, data_list):
		if not isinstance(data_list, list):
			print("データがリスト形式ではありません")
			return
		self.sepal_length = float(data_list[0])
		self.sepal_width = float(data_list[1])
		self.petal_length = float(data_list[2])
		self.petal_width = float(data_list[3])
		self.species = data_list[4]

	def printData(self):
		print("がく長={0:5.2f}, がく幅={1:5.2f}, 花弁長={2:5.2f}, 花弁幅={3:5.2f}, "\
		"種類={4:5s}".format(self.sepal_length,self.sepal_width, self.petal_length,\
		self.petal_width,self.species))

import matplotlib.pyplot as plt 
import matplotlib.font_manager as fm
import matplotlib.colors as mc
import numpy as np

def getFontProperty(size_str):
	font_prop = fm.FontProperties()
	font_prop.set_style('normal')
	font_prop.set_weight('light')
	font_prop.set_size(size_str)
	return font_prop.copy()

def getTarget(data):
	length = len(data)
	target_list = []
	for i in range(length):
		if (data[i].species == 'Setosa'):
			target_list.append(0)
		elif  (data[i].species == 'Versicolor'):
			target_list.append(1)
		elif (data[i].species == 'Virginica'):
			target_list.append(2)
	return np.array(target_list)

def extract(str, data):# data : list of Iris
	length = len(data)
	ext_list = []
	label = None
	if (str == 'SL'):
		label = 'Sepal Length'
		for i in range(length):
			ext_list.append(data[i].sepal_length)
	elif (str == 'SW'):
		label = 'Sepal Width'
		for i in range(length):
			ext_list.append(data[i].sepal_width)
	elif (str == 'PL'):
		label = 'Petal Length'
		for i in range(length):
			ext_list.append(data[i].petal_length)
	elif (str == 'PW'):
		label = 'Petal Width'
		for i in range(length):
			ext_list.append(data[i].petal_width)
	return np.array(ext_list), label

def runScatterPlot(str1, str2, data):
	x, label1 = extract(str1, data)
	y, label2 = extract(str2, data)
	labels = getTarget(data)
	
	colors = ['red','green','blue']
	species = ['Setosa','Virginica','Versicolor']

	fp2 = getFontProperty('20')
	fp3 = getFontProperty('15')

	fig = plt.figure(figsize=(10,10))
	ax = fig.add_axes([0.1,0.1,0.85,0.85])

	scale=50.0
	scatter = plt.scatter(x,y, s=scale, c=labels, cmap=mc.ListedColormap(colors))
	plt.xlabel(label1,fontsize=20,font_properties=fp2)
	plt.ylabel(label2,fontsize=20,font_properties=fp2)
	plt.xticks(fontsize=15)
	plt.yticks(fontsize=15)
	plt.title('IRIS DATA',fontsize=30,font_properties=fp2)

	handles, labels = scatter.legend_elements(prop="colors", alpha=0.6)
	legend = ax.legend(handles, species, loc="best", shadow=True, prop=fp3)

	fname = "Iris-scatter-plot_X_" + str1+"_Y_"+str2
	f1 = fname+".jpg"
	f2 = fname+".pdf"
	plt.savefig(f1)
	plt.savefig(f2)
	plt.show()

def goodParams(str1, str2):
	str_set = {'SL', 'SW', 'PL', 'PW'}
	if ((str1 != str2) and (str1 in str_set) and (str2 in str_set)):
		return True
	else:
		return False

if __name__ == "__main__":
	num_args = len(sys.argv)
	if (num_args != 3):
		print("python IrisScatterPlot.py [a pair from (SL  SW  PL  PW)] (e.g. SL PL )")
		sys.exit()
	str1 = sys.argv[1]
	str2 = sys.argv[2]
	if (not goodParams(str1, str2)):
		print("入力パラメータはSL,SW,PL,PWの４つの属性名から異なる２つを選択してください")
		sys.exit()
	fname = "iris.csv"
	try:
		with open(fname, "r", newline='', encoding='utf-8') as fin:
			lines = csv.reader(fin, delimiter=',')
			data = []
			first = True
			for line in lines:
				if first:
					first = False
					continue
				iris = Iris(line)
				data.append(iris)
			runScatterPlot(str1, str2, data)
	except FileNotFoundError:
		print("ファイル：",fname," が見つかりません")
		sys.exit()

Comments

[jimbe]

タグの c は c言語を表すためのものです。
幾らエラーメッセージに "c" が含まれるとはいえ、Python のご質問であれば外して頂いたほうが良いように思います。

[soft_cream]

何かC言語と関係するエラーなのかと勘違いしていました。
修正させていただきました。

Answer 1

以下の部分で labels が空リストになっていることが原因です。

  scatter = plt.scatter(x,y, s=scale, c=labels, cmap=mc.ListedColormap(colors))

なぜ、空になっているのかは、以下の部分で species の名前の比較に失敗しているからです。

def getTarget(data):
    length = len(data)
    target_list = []
    for i in range(length):
        if (data[i].species == 'Setosa'):
            target_list.append(0)
        elif  (data[i].species == 'Versicolor'):
            target_list.append(1)
        elif (data[i].species == 'Virginica'):
            target_list.append(2)
    return np.array(target_list)

元の CSV ファイルの species は全て小文字になっているのではないかと思います。なので、これらを小文字に修正します(case insensitive で比較してもよろしいかと)。

def getTarget(data):
    length = len(data)
    target_list = []
    for i in range(length):
        if (data[i].species == 'setosa'):
            target_list.append(0)
        elif  (data[i].species == 'versicolor'):
            target_list.append(1)
        elif (data[i].species == 'virginica'):
            target_list.append(2)
    return np.array(target_list)

Comments

[soft_cream]

回答ありがとうございます。
教えていただいた修正で期待していた結果が得られました。
小文字と大文字も含めて、もう少しデータを注意深く見るように気を付けます。
ありがとうございました。

Answer 2

色指定がどうこうという以前に、

    scatter = plt.scatter(x,y, s=scale, c=labels, cmap=mc.ListedColormap(colors))

のx, yが文字列であることが問題です。

matplotlib で散布図 (Scatter plot) を描くなどをよく読んで書き直してみることをお勧めします。

Comments

[soft_cream]

回答ありがとうございます。
教えていただいたサイトを参考にしたいと思います。