sublime text のhtml css js prettifyが使えません

下記ページにあるように、HTML/CSS/JS Prettifyの設定にあるパスが正しく設定されているかご確認ください。

• http://nj-clucker.com/html-css-js-prettify/

[ツール(T)] → [HTML/CSS/JS Prettify] → [Set node Path]

ここで表示される「node_path」の windows で指定されるパスが、Node.js のパスと等しいか確認してください。

パスが通っていることを確認しました。
MacOSですね。

こちらの環境(MacOS)でも提示されている「HTMLPrettify.sublime-settings」と同様の設定にて問題なく動作しています。ただし"/usr/local/bin/node"のパスを書き換えると同様のエラーメッセージが表示されました。

再度お願いとなりますが、Sublime Textのコンソールを開いた状態でソース整形を行うとコンソールに何かエラーが出ていませんでしょうか？
"/usr/local/bin/node"のパスを意図的に変えた際、こちらの環境では以下の様なエラーが出力されていました。
※ユーザ情報となる部分は伏せて記載しています

sing node.js path on 'osx': /usr/local/bin/nodeX
Unexpected error(<class 'subprocess.CalledProcessError'>): Command '"/usr/local/bin/nodeX" "/Users/XXXXX/Library/Application Support/Sublime Text 3/Packages/HTML-CSS-JS Prettify/scripts/run.js" "/Users/XXXXX/Library/Application Support/Sublime Text 3/Packages/HTML-CSS-JS Prettify/.__temp__" "/Users/XXXXX/Documents/test.js" "User"' returned non-zero exit status 127
Traceback (most recent call last):
  File "/Applications/Sublime Text.app/Contents/MacOS/sublime_plugin.py", line 574, in run_
    return self.run(edit)
  File "/Users/XXXXX/Library/Application Support/Sublime Text 3/Packages/HTML-CSS-JS Prettify/HTMLPrettify.py", line 49, in run
    print(self.get_output_diagnostics(output))
  File "/Users/XXXXX/Library/Application Support/Sublime Text 3/Packages/HTML-CSS-JS Prettify/HTMLPrettify.py", line 111, in get_output_diagnostics
    index = output.find(OUTPUT_VALID)
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'find'

エラーメッセージ確認しました。
プラグイン自体で何かエラーが出ているようですね。
pythonには詳しくないので、ちょっと内容まではわかりませんでした。
該当ソースは以下で参照できるようですね。

• https://github.com/victorporof/Sublime-HTMLPrettify/blob/master/HTMLPrettify.py

もしかしたらプラグインが正しくインストールできていないかもしれないので、ありきたりですがプラグインの削除、再インストールを試してみてはいかがでしょうか。
プラグインのインストールは手動・Package Controlのどちらで実施されていますか？