容量を食っているファイルが見つからない

実現したいこと

dfコマンドでLinuxの容量を調べてみると、一部使用率がかなり高いことになっています。なので容量の大きいファイルを見つけたいです。

発生している問題

容量の大きいファイルを探しているのですが見つかりません。duコマンドの結果とdfコマンドの結果が一致しないので、恐らくduコマンドでは見つからないようなファイルだと思いますが、その場合どうやって探せば良いのかわかりません。

dfコマンドの結果(/home/shareの使用率が96%になっている)：

root@7241785b7147:/# df -h
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
overlay         3.6T  491G  3.0T  15% /
tmpfs            64M     0   64M   0% /dev
tmpfs           126G     0  126G   0% /sys/fs/cgroup
shm              64M     0   64M   0% /dev/shm
/dev/sda2       726G  655G   35G  96% /home/share
/dev/sdc        3.6T  491G  3.0T  15% /etc/hosts
tmpfs           126G   12K  126G   1% /proc/driver/nvidia
udev            126G     0  126G   0% /dev/nvidia2
tmpfs           126G     0  126G   0% /proc/asound
tmpfs           126G     0  126G   0% /proc/acpi
tmpfs           126G     0  126G   0% /proc/scsi
tmpfs           126G     0  126G   0% /sys/firmware

duコマンドで調べてみた結果(/homeの容量は5.5Gのみ)：

root@7241785b7147:/# du -sh *
4.8M	bin
4.0K	boot
0	dev
1.5M	etc
5.5G	home
14M	lib
4.0K	lib64
4.0K	media
4.0K	mnt
12K	models
4.0K	opt
du: cannot access 'proc/562/task/562/fd/3': No such file or directory
du: cannot access 'proc/562/task/562/fdinfo/3': No such file or directory
du: cannot access 'proc/562/fd/3': No such file or directory
du: cannot access 'proc/562/fdinfo/3': No such file or directory
12K	proc
5.5G	root
20K	run
3.8M	sbin
4.0K	srv
0	sys
72K	tmp
5.6G	usr
52M	var

duコマンドで/home/share内部のファイルを調べた結果(10/10追加)(やはり巨大なファイルは見当たらない)

root@7241785b7147:/home/share# du -sh .??* * | sort -k1,1nr
768K DiVGAN_3_cnn_remake.ipynb
732K DiVGAN_3_cnn_remake-Copy1.ipynb
716K DiVGAN_3-Copy1.ipynb
696K DiVGAN_3_cnn_remake-Copy2.ipynb
668K DiVGAN_3.ipynb
84K view_data.ipynb
12K .bash_history
12K examples.desktop
11M .cache
11M .local
8.0K .ssh
5.5G knowledge_graph_model
4.0K .bash_logout
4.0K .bashrc
4.0K .profile
3.6M .ipynb_checkpoints
0 .sudo_as_admin_successful
0 data.py
0 main.py

試したこと

削除したつもりのファイルをプロセスが開いたままである可能性を考えて調べてみましたが、そういうことはありませんでした。

　　lsofコマンドで開いているファイルをサイズ順にソートした結果を見ましたが、ファイル名にdeleatedと記載されているファイルは無く、変なプロセスに使われている気配はありません。

root@7241785b7147:/home/share# lsof /home/share/ | sort -k7 -nr
sort    532 root  cwd    DIR    8,2     4096 23333848 /home/share
lsof    533 root  cwd    DIR    8,2     4096 23333848 /home/share
lsof    531 root  cwd    DIR    8,2     4096 23333848 /home/share
bash     10 root  cwd    DIR    8,2     4096 23333848 /home/share
COMMAND PID USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF     NODE NAME

コンテナを再起動してみましたが、状況は変わりませんでした。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

Dockerのコンテナ内部のファイルシステムです
OS：Ubuntu 18.04.3 LTS

よろしくお願いします。

melian

2022/10/09 15:45

まずは /home/share だけを調べてみてはどうでしょうか。 # cd /home/share # du -c .??* * | sort -k1,1nr | head

otn

2022/10/09 16:56

> 削除したつもりのファイルをプロセスが開いたままである可能性を考えて調べてみましたが、そういうことはありませんでした。これは、具体的に何を確認したのでしょうか？再起動しても変わらないと言うことでしょうか？

AlbertVerlnich

2022/10/10 05:52 編集

melianさん /home/shareを調べた結果ですがこのようになりました。 root@7241785b7147:/home/share# du -c .??* * | sort -rn | head -10 5747096 total 5718568 knowledge_graph_model 5254028 knowledge_graph_model/models 1572212 knowledge_graph_model/models/anlg 1572136 knowledge_graph_model/models/story 1571852 knowledge_graph_model/models/eg 1571788 knowledge_graph_model/models/story/grf-story 1571760 knowledge_graph_model/models/eg/grf-eg 1571684 knowledge_graph_model/models/anlg/grf-anlg 537780 knowledge_graph_model/models/gpt2-small 一応ちょっとオプション変えて調べた結果です。 root@7241785b7147:/home/share# du -sh .??* * | sort -k1,1nr 768K DiVGAN_3_cnn_remake.ipynb 732K DiVGAN_3_cnn_remake-Copy1.ipynb 716K DiVGAN_3-Copy1.ipynb 696K DiVGAN_3_cnn_remake-Copy2.ipynb 668K DiVGAN_3.ipynb 84K view_data.ipynb 12K .bash_history 12K examples.desktop 11M .cache 11M .local 8.0K .ssh 5.5G knowledge_graph_model 4.0K .bash_logout 4.0K .bashrc 4.0K .profile 3.6M .ipynb_checkpoints 0 .sudo_as_admin_successful 0 data.py 0 main.py やはり質問に載せていたdfコマンドにあるように、655Gも使っているようには見えませんね…

AlbertVerlnich

2022/10/10 06:15

otnさん説明が足りずすみませんでした。 lsofコマンドにより開かれているファイルを調べ、ファイル名にdeleatedと記載されるファイルが無いことを確認しました。 linuxではファイルを削除しても、プロセスがそのファイルを開いている場合は削除されないままであり、その状態のファイルはduコマンドでは見つけられない為duとdhの結果が異なる原因としてよく挙げられます。私のケースもこれが原因かと思って調べましたが、違ったようです。また、質問文には表記し忘れていましたがコンテナの再起動も試しました。しかし状況は変わりませんでした。

回答2件

docker コンテナで df コマンドを実行しているのでしょう。
ホスト側の情報(bind マウントのソースディレクトリを含むパーティション)が見えているだけだと思います。

投稿2022/10/10 02:31

TaichiYanagiya

総合スコア11989

回答へのコメント

AlbertVerlnich

2022/10/11 09:16

コンテナ側の情報が見えていないということでしょうか？不勉強で申し訳ありませんが、その場合どうやって大容量のファイルを探せば良いのでしょうか？

TaichiYanagiya

2022/10/11 09:52

bind マウントしているディレクトリについては、df コマンドでは使用量はわからないです。「655 GB」は /home/share の使用量ではなく、ホスト側の使用量(/dev/sda2 をマウントしているディレクトリ全体の使用量)が見えているだけです。

方針を立てましょう。
どこを減らしたいのですか？
多分
/dev/sda2 726G 655G 35G 96% /home/share
ここですね？

そういう時、私はこつこつやります
まず
du -s /home/share/*
次にそこでむやみと多く使ってる hoge に着目して
du -s /home/share/hoge/*
次に
:
:
:
ls -lSr することもありますが。
あと
find /home/share find -size 1000k
とか使うこともあります