抽出した画像の輪郭点座標をcsvに出力したい

Question

前提

プログラミングを始めた初心者です。ぜひサポートをよろしくお願いいたします。
vscodeとpythonを使って画像の輪郭点座標(掲示したプログラムは、白地背景に黒線で描いた円の外側と内側の輪郭点を抽出するためのプログラムです)を抽出しcsvに出力するプログラムを作成しています。

実現したいこと

抽出した座標をエクセルのA列にx座標、B列にy座標を縦に並べていきたいです。

発生している問題・エラーメッセージ

csv出力してもエクセルは空白のままです。
掲示したプログラムでA列に各座標点のx座標が入力されると思いましたがうまくいきません。
座標の抽出まではできていました。

該当のソースコード

import cv2
import matplotlib.pyplot as plt
import csv
import pandas as pd
import itertools
import collections

figure = cv2.imread('C:/Users/hirashiba-ju/Desktop/test20221215.jpg')
figure_2 = cv2.cvtColor(figure,cv2.COLOR_BGR2GRAY)
plt.imshow(figure_2)
plt.gray()
plt.show()
th,figure_3 = cv2.threshold(figure_2,128,255,cv2.THRESH_BINARY)
data,hierarchy = cv2.findContours(figure_3,cv2.RETR_TREE,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
cv2.drawContours(figure, data, -1, color=(0, 0, 255), thickness=1)
plt.imshow(figure)
plt.show()
data = list(data)
b = []
for i in data:
    for j in i:
        for k in j:
            b.append(k[0])
with open('csv.csv','w',newline="") as f:
    writer = csv.writer(f,delimiter=",")
    for c in b:
        writer.writerows(c)

試したこと

dataには各座標リストが入っているので、各座標のインデックス0を順に抽出して(b)、csv出力すればよいと思ったのですが、
うまくいきませんでした。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

皆様の知識をお貸しいただきたいです。
よろしくお願いいたします。

Comments

[ps_aux_grep]

ソースコードはコードブロック</>を利用して記入願います．インデントが崩れており，コードが読めません．

[meg_]

コードは「コードの挿入」で記入してください。

[shiba-ken]

すみません。初めての利用で変な表記になってしまいました。修正いたしました。よろしくお願いいたします。

[meg_]

質問のコードを試したところ下記エラーが発生しました。
発生個所：writer.writerows(c)
エラー：TypeError: 'numpy.intc' object is not iterable

コードが同じものか確認していただけませんか？（実際に実行したコードと質問に記載したコードが同一かどうか）

[shiba-ken]

ありがとうございます。コードは同一です。 'numpy.intc' object is not iterableを解決しようとしたのですが、今のコードで何が問題なのかがわかりませんでしたイテラブルとしてcやbが使用できないのでしょうか。
いつもの感覚でfor文を作ったのですが、エラーの理由が理解できておりません。何か解決方法ご存じであればご教授いただければ幸いです。

Answer 1

やり方が少し変わりますが、Stackoverflowのexport coordinate from an image to excel format in pythonによると、
np.savetxt('img.csv', np.argwhere(img > 127), fmt='%d', delimiter=',')だけで白い部分の座標だけ出力できます。

ですので、

白地背景に黒線で描いた円の外側と内側の輪郭点を抽出するためのプログラムです)を抽出しcsvに出力するプログラムを作成しています。
(略)
抽出した座標をエクセルのA列にx座標、B列にy座標を縦に並べていきたいです。

の答えは、

最小動作確認用コード

import cv2
import numpy as np

# 二値化するかわりに黒地に白の円を描画
img = np.zeros((100,100),np.uint8)
img = cv2.circle(img,(50,50),20,(255),2)

# # 表示テスト
# cv2.imshow("img",img)
# cv2.waitKey(1)

# 簡素に済ませるためCannyで線を抽出
# https://stackoverflow.com/a/42037485
sigma = 1
v = np.median(img)
lower = int(max(0, (1.0 - sigma) * v))    #---- lower threshold
upper = int(min(255, (1.0 + sigma) * v))  #---- upper threshold
img_canny = cv2.Canny(img, lower, upper)

cv2.imshow("img_canny",img_canny)
cv2.waitKey(1)

# 座標を出力する
# https://stackoverflow.com/questions/64801343/export-coordinate-from-an-image-to-excel-format-in-python
np.savetxt('img.csv', np.argwhere(img_canny > 127), fmt='%d', delimiter=',')

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Comments

[shiba-ken]

ご説明ありがとうございます。
初心者の私では理解がまだできていませんが、ひとつずつコードを追っていきます。
ありがとうございました。

[退会済みユーザー]

二値化やContourの処理をする代わりに、1.Canny処理で線を浮かせて、2.浮いた線をCSVで保存したというだけの処理です。特に変な処理や深みのあるような書き方は何もしていませんので、Canny関数だけどんなものかチュートリアルを見てそれで十分と思います。

[shiba-ken]

ご説明いただきありがとうございます。勉強します。

Answer 2

書き込み処理のところを下記のように修正すれば良いかと思います。

with open('csv.csv','w',newline="") as f:
    writer = csv.writer(f,delimiter=",")
    for i in data:
        for j in i:
            writer.writerows(j)

csvwriter.writerows(rows)

rows 引数 (上で解説した row オブジェクトのイテラブル) の全ての要素を現在の表現形式に基づいて書式化し、writer のファイルオブジェクトに書き込みます。

ドキュメントの説明にある通り、writerows()の引数にはリストなどのイテラブルなオブジェクトを指定する必要があります。

Comments

[shiba-ken]

ありがとうございます！エクセルへの出力ができました。
１点理解できないところがあります。
for i in data:
for j in i:
writer.writerows(j)
のところですが、なぜ
for c in data:
writer.writerows(c)
では動かなかったのでしょうか。
c・・dataが3重リストだから2重目リストの値がcに入る=要素としては1つだからイテラブルではない？
j・・forを２回続けたため、1リスト目が入る=要素として[x,y]のように複数要素を持つリストになるからイテラブルと認識された？
cとjにはどんな違いがあるのかが明確に理解できておりません。
質問ばかりですみません。

[shiba-ken]

b(リスト[a,b,c,d,e,f・・・])をforで使ったのがいけなかったかもしれません。
(cに整数が入ってしまったからイテラブルエラー）

[meg_]

3重ループにしてしまうと単一のオブジェクトになるからですね。（今回の場合は numpy.intcクラス）
2重ループですと numpy.ndarrayクラス（配列） になりますね。

[shiba-ken]

回答ありがとうございます。
3重ループだと単一オブジェクト、2重ループだと配列とはどういうことでしょうか。
問題は解決したのですが、理屈をしっかり理解しておきたいです。

[meg_]

すみません。私の csvwriter.writerows(rows) に対する理解が間違っていたようです。引数の rows には2次元(以上)の配列オブジェクトが必要のようです。

今回の場合ですと、dataは要素2つのリストで各要素は3次元のnumpy配列です。ですので3重ループですと取得されるのは1次元のnumpy配列で2重ループですと2次元のnumpy配列となりますね。そのため3重ループのときはエラーになったのだと思います。
もっと詳細が知りたいのであればモジュールのソースコードを当たるなどしてください。

[shiba-ken]

ありがとうございます。
引数のルールをよく調べるべきでした。
とても勉強になりました。ありがとうございました！