Perlでの無限ループについて

Perlで以下の文字列突合用のソースを書いたのですが、質問させてください。
一回目の<ファイルごとにループ>は無事に完了するのですが、二回目のループでは突合処理内の二回目のネストループで無限ループに入ってしまいます。
一回目と挙動は同じになるはずなのにこのような事象が出てしまうのは何故なのでしょうか。。
皆さまのお力をお貸し頂ければ幸いです。

lang
1#! /usr/bin/perl
2
3### 格納リスト ###
4@FILECHECK = ();
5@NEWFILELIST = ();
6@LASTFILELIST = ();
7@TWONEWLIST = ();
8@TWONLASTLIST = ();
9@NEWCELLLIST = ();
10@LASTCELLLIST = ();
11@OUTPUT = ();
12@OUTFIRSTPUT = ();
13
14### 変数宣言 ###
15$filecheck;
16$newflag;
17$lastflag;
18$cnt;
19$innewtmp;
20$inlasttmp;
21$newcnt;
22$lastcnt;
23$ReNewFileName;
24$ReLastFileName;
25$readnewline;
26$readlastline;
27
28
29
30# ファイル有無のチェック
31@FILECHECK = glob("*");
32# 配列要素の取得
33$filecheck = @FILECHECK;
34
35
36# 判定フラグ
37$newflag = 0;
38$lastflag = 0;
39
40# エンコード
41use Encode;
42use utf8;
43
44
45# ファイル分ループ
46for(@FILECHECK){
47    if($FILECHECK[$cnt] eq "newapfile"){
48        $newflag = 1;
49    }elsif($FILECHECK[$cnt] eq "lastapfile"){
50        $lastflag = 1;
51    }elsif($cnt==$filecheck-1 && $newflag==0){
52        print "not there NewAPFile !!\n";
53        exit;
54    }elsif($cnt==$filecheck-1 && $lastflag==0){
55        print "not there LastAPFile\n";
56        exit;
57    }elsif($cnt==$filecheck-1 && $newflag==1 && $lastflag==1){
58        last;
59    }$cnt++;
60}
61print "Let's APmatching start !!\n";
62
63
64### csvファイル一覧取得 ###\
65@NEWFILELIST = glob("newapfile/*.csv");
66@LASTFILELIST = glob("lastapfile/*.csv");
67
68
69
70### ファイルごとにループ ###
71for($newcnt=0; $newcnt<scalar(@NEWFILELIST); $newcnt++){
72
73    $ReNewFileName = 0;
74    $ReNewFileName = $NEWFILELIST[$newcnt];
75    $ReNewFileName =~ s/newapfile//g;
76
77    for($lastcnt=0; $lastcnt<scalar(@LASTFILELIST); $lastcnt++){
78
79        $ReLastFileName = 0;
80        $ReLastFileName = $LASTFILELIST[$lastcnt];
81        $ReLastFileName =~ s/lastapfile//g;
82
83        if($ReNewFileName eq $ReLastFileName){
84
85            print "matching $ReNewFileName\n";
86            print "matching $ReLastFileName\n";
87            print "Done..\n";
88
89            @OUTPUT = ();
90            @OUTFIRSTPUT = ();
91            push(@OUTFIRSTPUT, $ReNewFileName);
92            push(@OUTPUT, [@OUTFIRSTPUT]);
93
94            
95            # 二次元配列用
96            @TWONEWLIST = ();
97            @TWONLASTLIST = ();
98
99            open INNEW, "<:encoding(shift-jis)", "$NEWFILELIST[$newcnt]" or die("could not open file.");
100            open INLAST, "<:encoding(shift-jis)","$LASTFILELIST[$lastcnt]" or die("could not open file.");
101
102
103
104            ### ファイルを1行ずつ読み込んで二次元配列に格納 ###
105
106            $readnewline = 0;
107            while(my $readnewline = <INNEW>){
108                chomp $readnewline;
109                @NEWCELLLIST = ();
110                @NEWCELLLIST = split /\,/, encode("utf-8", $readnewline);
111                push(@TWONEWLIST, [@NEWCELLLIST]);
112                $i++;
113            }
114            close INNEW;
115
116            $readlastline = 0;
117            while(my $readlastline = <INLAST>){
118                chomp $readlastline;
119                @LASTCELLLIST = ();
120                @LASTCELLLIST = split /\,/, encode("utf-8", $readlastline);
121                push(@TWOLASTLIST, [@LASTCELLLIST]);
122            }
123            close INLAST;
124
125            $i=0;
126            $j=0;
127
128
129            ### 突合処理 ###
130            while($i<scalar(@TWOLASTLIST)){
131
132                while($j<scalar(@TWONEWLIST)){
133                    $k = 0;
134                    $l = 0;
135                    @OUTFIRSTPUT = ();
136
137                    while($k<scalar(@{$TWOLASTLIST[$i]})){             
138                        
139                        while($l<scalar(@{$TWONEWLIST[$j]})){
140
141                            # エラー2のケース(数値)
142                            if($TWOLASTLIST[$i][$k] =~ /^[0-9]+$/){
143                                if($TWOLASTLIST[$i][$k] == $TWONEWLIST[$j][$l]){
144                                    push(@OUTFIRSTPUT, "0,");
145                                    $k++;
146                                    $l++;
147                                    last;
148                                }else{
149                                    push(@OUTFIRSTPUT, "1,");
150                                    $k++;
151                                    $l++;
152                                    last;
153                                }
154                            }
155                            # エラー2のケース(マイナスの場合)
156                            elsif($TWOLASTLIST[$i][$k] =~ /-/){
157                                if($TWOLASTLIST[$i][$k] == $TWONEWLIST[$j][$l]){
158                                    push(@OUTFIRSTPUT, "0,");
159                                    $k++;
160                                    $l++;
161                                    last;
162                                }else{
163                                    push(@OUTFIRSTPUT, "1,");
164                                    $k++;
165                                    $l++;
166                                    last;
167                                }
168                            }
169                            # エラー2のケース(空白の場合)
170                            elsif($TWOLASTLIST[$i][$k] =~ /\s/){
171                                if($TWOLASTLIST[$i][$k] == $TWONEWLIST[$j][$l]){
172                                    push(@OUTFIRSTPUT, "ok null,");
173                                    $k++;
174                                    $l++;
175                                    last;
176                                }else{
177                                    push(@OUTFIRSTPUT, "bad null,");
178                                    $k++;
179                                    $l++;
180                                    last;
181                                }   
182                            }
183                            # エラー1のケース(文字列)
184                            else{
185                                if($TWOLASTLIST[$i][$k] eq $TWONEWLIST[$j][$l]){
186                                    push(@OUTFIRSTPUT, "True,");
187                                    $k++;
188                                    $l++;
189                                    last;
190                                }else{
191                                    push(@OUTFIRSTPUT, "FALSE,");
192                                    push(@OUTPUT, [@OUTFIRSTPUT]);
193                                    @OUTFIRSTPUT = ();
194                                    $j++;
195                                    $k = 0;
196                                    $l = 0;
197                                    last;
198                                }
199                            }
200                        }
201                    }
202                    push(@OUTPUT, [@OUTFIRSTPUT]);
203                    $j++;
204                    $i++;
205
206                }
207                $i++;
208            }
209            open OUT, ">APmatching_$newcnt.csv";
210            for($m=0; $m<scalar(@OUTPUT); $m++){
211                print OUT encode("UTF-8", "@{$OUTPUT[$m]}\n");
212            }
213            close OUT;
214        }
215    }
216}