C++でforループがうまくいきません

こんにちは。

ざっと見る限り、yasunori_bamさんが記載されている現象が起こるソースのようには見えません。

rand()%55が0の時はfgets(line_text,256,fp);が実行されませんので、p_word_beforeに「前回」のfor(count)ループ時の値が入ることはありえますが、その時、p_word_afterにも前回と同じ値が入る筈なのでNULLにはならない筈です。

また、rand()%55が例えば5の時、p_word_afterに値が入ったり、NULLが入ったりするのですね？
それもちょっと考えにくいです。・・・①

ただ、もし、サブ・スレッドを使っていてサブ・スレッドでもstrtok()を使っていたら、何が起こるか分かりませんので、ご説明されたような事象が起きる可能性はあります。strtok()はスレッド安全ではありませんので。
しかし、ご提示された内容からサブ・スレッドを使っているとは思えません。

試しに、下記の直後で、line_text、p_word_before、p_word_afterを表示してみては如何でしょうか？
何か掴めそうな気がします。

p_word_before=strtok(line_text,",");
p_word_after=strtok(NULL,",");

ところで、①の現象はどのようにして確認されましたか？ どうもその確認にミスがありそうな予感がします。
また、ファイルは55行以上存在し、その全ての行にはp_word_afterがNULLになることはない文字列が入っていることは確認できていますか？ 例えば、p_word_afterがNULLにならない行を55行コピペしておけば簡単に条件を作れると思います。

因みに下記はミスですね？（特に影響はないと思いますが。）

p_word_before=word_before[count];
p_word_after=word_after[count];

countは50から始まりますが、 word_before[50][128],  word_after[50][128]ですので、word_before[49][], word_after[49][]までしかありません。

ぱっと見て気になったことが一点。

for(count=50;count>0;count--){

この記述だと、ループの中ではcountが50から始まって最後に1になります。

p_word_before=word_before[count];
p_word_after=word_after[count];

それぞれの配列は[50]で確保されているため、添え字に指定可能な範囲は0～49です。ループ初回でcountに50が入っているので、配列の範囲を超えています。

しっかり見て気になった点を。

for(line=rand()%55;line>0;line--){
   fgets(line_text,256,fp);
}

rand()%55は0になる可能性があります。その場合、条件判定でいきなりループ終了になるため、ループ内のfgetsが実行されません。
そうなると、line_textに正しい文字列が入らず、strtok関数が正しい結果を返さないのだと思います。

line=rand()%55 + 1とすれば良いと思います。

補足
strtok関数は、返すべき文字列がないとNULLを返します。前述のループでfgetsを実行しないまま抜けると、前回のバッファの内容が残っているわけですが、区切り文字が消されてしまっているので最初のstrtokで文字列全体を返してしまい、次のstrtokでは返すべき文字列がないという状況になったのだと思われます。