anacondaのjupyter notebookでgraphvizが使えない

Question

発生している問題・エラーメッセージ

学校の課題でjupyter notebook上でgraphvizを用いなければならないのですが，

インポートを行うことができません．

もし解決法がわかる方がいらっしゃればぜひ教えていただきたいです．

エラーメッセージ

ModuleNotFoundError: No module named 'graphviz'

試したこと

brew install graphbiz

は行っており，

conda search python-graphviz

を実行してパッケージがインストールされていることもpydotplusが入っているのも確認できているのですが，

anaconda navigatorのenvironments上では

python-graphviz がインストールされていないことになっています．

インストールを行おうとしても solving package specifications の文字が出てきたまま動くことがありません．

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

使用PC: M1 macbook air

anaconda version:4.10.1

Comments

[jbpb0]

jupyter notebookで下記を実行した結果を教えてください

import sys
import pprint
pprint.pprint(sys.path)

結果がたくさん表示されますが、省略せずに書いてください
(ユーザー名等の個人情報は伏せ字にしてください)

それと、brewとかcondaとか使ってる時と同じ状態(ターミナル)で、下記を実行した結果を、それぞれ教えてください

which brew
which conda
which python
which python3

[iu_kt]

import sys
import pprint
pprint.pprint(sys.path)

['/Users/.../Documents/メモ',
'/Users/.../opt/anaconda3/lib/python38.zip',
'/Users/.../opt/anaconda3/lib/python3.8',
'/Users/.../opt/anaconda3/lib/python3.8/lib-dynload',
'',
'/Users/.../opt/anaconda3/lib/python3.8/site-packages',
'/Users/.../opt/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/aeosa',
'/Users/.../opt/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/IPython/extensions',
'/Users/.../.ipython']

which brew
/opt/homebrew/bin/brew

which conda
conda () {
if [ "$#" -lt 1 ]
then
"$CONDA_EXE" $_CE_M $_CE_CONDA
else
\local cmd="$1"
shift
case "$cmd" in
(activate | deactivate) __conda_activate "$cmd" "$@" ;;
(install | update | upgrade | remove | uninstall) CONDA_INTERNAL_OLDPATH="${PATH}"
__add_sys_prefix_to_path
"$CONDA_EXE" $_CE_M $_CE_CONDA "$cmd" "$@"
\local t1=$?
PATH="${CONDA_INTERNAL_OLDPATH}"
if [ $t1 = 0 ]
then
__conda_reactivate
else
return $t1
fi ;;
(*) CONDA_INTERNAL_OLDPATH="${PATH}"
__add_sys_prefix_to_path
"$CONDA_EXE" $_CE_M $_CE_CONDA "$cmd" "$@"
\local t1=$?
PATH="${CONDA_INTERNAL_OLDPATH}"
return $t1 ;;
esac
fi
}

which python
/Users/.../opt/anaconda3/bin/python

which python3
/Users/.../opt/anaconda3/bin/python3

以上のような結果が表示されました．...となっているところは伏せ字です．

[jbpb0]

> anaconda navigatorのenvironments上では
python-graphviz がインストールされていないことになっています．

Anacondaの仮想環境は使ってますか？
もし使ってるなら、
conda install...
でpython-graphvizとかを入れた仮想環境と、jupyter notebookで使ってる仮想環境は、同じですか？

[iu_kt]

anaconda navigator のEnvironments には base(root)しか表示されておらず，また自分で仮想環境を作った記憶もないため，同じだと思われます．

[jbpb0]

> terminalからjupyter notebook を立ち上げていたのを，
anacanda navigator から立ち上げた結果，graphvizが認識され実行ができるようになりました．

> anaconda navigatorから立ち上げるのとは別の場所にjupyterがインストールされてしまっていたのではないかと思っています．

ターミナルで
which jupyter
を実行したら、
/Users/.../opt/anaconda3/...
以外のどこかにあるのが出てくるなら、そうなのかもしれません

ただし、pprint.pprint(sys.path)の結果を見ると、jupyterから使われてるのはAnacondaのPython 3.8のようなんです
それなのに、なんでcondaで入れたのが見つからないのか、不思議です

[jbpb0]

もしかしたら、pprint.pprint(sys.path)を実行したのは、ターミナルから起動したjupyterではなく、anacanda navigatorから起動したjupyterでしょうか？
それならば、pprint.pprint(sys.path)の結果はつじつまが合います

[iu_kt]

which jupyter
/Users/.../opt/anaconda3/bin/jupyter

となったのでターミナルから使っているjupyterも同じぽいですね・・・

今あらためてターミナルからとnavigatorからそれぞれjupyterを立ち上げてpprintを実行したのですがそれも結果は同じでした．

また，ターミナルから立ち上げたjupyterでもgraphvizを使うことができました...

なぜ昨日できなかったのかはよくわかりませんが，ひとまずターミナルから使っているjupyterとnavigatorから立ち上げたjupyterは同じもののようです．

ただnavigator上のenvironmentsでは相変わらずpython-graphvizがnot-install欄にあることだけが謎ですね・・・

この度は大変お手数をおかけし，申し訳ございませんでした．ご回答ありがとうございました！

Answer 1

皆様たくさんのご回答ありがとうございました．

一晩開け，今までterminalからjupyter notebook を立ち上げていたのを，

anacanda navigator から立ち上げた結果，graphvizが認識され実行ができるようになりました．

まだ詳細はわかっていないのですが，anaconda navigatorから立ち上げるのとは別の場所にjupyterがインストールされてしまっていたのではないかと思っています．

改めて自分の環境を見直し，整理したいと思います．

自己解決となってしまい申し訳ございません．

ご回答くださった皆様，ありがとうございました．

Answer 2

jupyter上で%pip install graphvizをするか、anaconda navigatorから対象の環境に対してgraphvizをインストールしましょう

Comments

[iu_kt]

ご回答ありがとうございます．

記述し忘れてしまったのですがpipでのインストールもすでに試したんですよね・・・

環境については特に仮想環境は作っておらずanaconda navigator のbase(root)の欄を見ていましたが

仮想環境を作ったほうがよかったのでしょうか．

[hentaiman]

「jupyter上で」ですけど、やりました？

[hentaiman]

base自体も仮想環境なので、作る作らないは気にしないで良いです

[iu_kt]

jupyter上では試していませんでした，読み違えてしまい申し訳ありません．

今後同じような問題が発生したとき，jupyter上でのpipも試してみたいと想います．

ご回答ありがとうございました．

Answer 3

Jupyterのpythonとコマンドラインのpythonが同じでない可能性が高いです。

Jupyterで

import sys
print(sys.executable)

を実行してください。

これで表示されるpythonのフルパスを指定して

$ /aaa/bbb/ccc/python3 -m conda install python-graphviz

とかをやってみてください。

Comments

[iu_kt]

ご回答ありがとうございます．

ご回答頂いたよう試してみたのですが，solving package specifications がまたずっと続いてしまう形になってしまいました．すみません．．．