PythonでのND2ファイルの読み込みから画像変換、配列処理について

Question

NikonのND2形式のファイルの読み込みから、画像処理のスクリプトを作りたいと考えています。

これまではImageJを用いて、画像の読み込み、変換などを行っておりましたが、今後は自動処理をと思い、Pythonで取り組めないかと考えています。

そこで、ND2readerライブラリおよびその基本構文により、読み込みまでは以下のように作りました。

from nd2reader import ND2Reader
import matplotlib.pyplot as plt

nd_image = ND2Reader('./test.nd2')

現状、フレームシーケンスやメタデータは見ることができています。
しかしながら、

plt.imshow(image[0])

では ValueEror:bytes length not a multiple of item size
となり、そこで

Pixel Datatypeはnumpy.float64
のようでしたので、Numpyarrayに入れようとしているのですが。

やりたいことは、ND2形式からRGBの切り出し、画像変換（TIFFへ）です。

bio-formatter ライブラリなども見ているのですが。
なかなか芳しくありません。

こうしてみたらや、画像処理の参考になるサイトなど、教えていただけたらと思います。

Comments

[ppaul]

https://github.com/statgenetJimu/ShapeMove/issues/2
はどうですか。

[yoshitomoharada]

ppaulさんありがとうございます。
まさにこれを試しているのですが、この先で止まっています。