GIT + packagistでのgit設定ファイルの扱いに関して

先日phpで開発したライブラリを初めてpackagistに公開する機会がありまして、
色々ネットの記事を参考にしつつ試行錯誤の末、無事公開・インストールまでできる状態にはなったのですが、更新（composer update）を行ったところ、インストールしたパッケージ内のgitのidxファイルが削除できないといった内容のエラーが出てしまい、更新を完了することができませんでした。

似たような事象をネットで探しても、特にヒットせず、自分で他のpackagist公開のライブラリのソースを参考程度に見ていて、そもそも他のパッケージにはgitの設定ファイル（.gitignoreや.git）が含まれていない事に気づきました。

そこでお聞きしたかったのですが、まずgit+packagistで公開するにあたって、前述のように「gitの設定ファイルをインストール対象から省くようにする」という認識は正しいのでしょうか？
また、そのような設定はどこから行うのでしょうか？

ご回答よろしくお願いいたします。