まず、ひとつ誤解があるように思います。
php
1<?php if(){
2//内容
3<?php } (){
4//内容
5}
6?>
ではなく
php
1<?php if(){ ?>
2//内容
3<?php } else { ?>
4//内容
5<?php } ?>
のような感じだと思います。
それは良いとして、
php
1<?php if(){
2//内容
3}else{
4//内容
5}
6?>
のような記述の場合「内容」のところにHTMLを出力したい場合
php
1<?php if() {
2 echo "<p>HTMLだとこう書く</p>";
3} else {
4 echo "<h1>タグ表記に対していちいちechoが要る</h1>";
5}
6?>
のようにしないといけないです。一方別の書き方だと、HTMLを分離して
<?php if(){ ?>
<p>HTMLだとこう書く</p>
<?php } else { ?>
<h1>タグ表記に対していちいちechoはいらない</h1>
<?php } ?>
のように書くことができるので、WordPressを触るような「PHPのことはあまり詳しくないがHTMLはよく理解できている」人向けには理解しやすい構文と言えます。
TwigやSmartyなどのテンプレートエンジンを使っていないWordPressの場合こういう書き方をしないとPHPがエラーを起こしやすいので、という工夫なのだと思います。