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ライブラリーリサーチのための対話環境をJupyter Notebookの上につくってみたい@MonkeyBench

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前提・実現したいこと

ライブラリーリサーチのための対話環境をJupyter Notebookの上につくってみたい@MonkeyBench

発生している問題・エラーメッセージ

notebook上のエラー

---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-8-a730a8649d77> in <module>()
----> 1 get_ipython().magic(u'load_ext MonkeyBench')

/Users/(ユーザー名)/anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in magic(self, arg_s)
   2161         magic_name, _, magic_arg_s = arg_s.partition(' ')
   2162         magic_name = magic_name.lstrip(prefilter.ESC_MAGIC)
-> 2163         return self.run_line_magic(magic_name, magic_arg_s)
   2164 
   2165     #-------------------------------------------------------------------------

/Users/(ユーザー名)/anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/interactiveshell.pyc in run_line_magic(self, magic_name, line)
   2082                 kwargs['local_ns'] = sys._getframe(stack_depth).f_locals
   2083             with self.builtin_trap:
-> 2084                 result = fn(*args,**kwargs)
   2085             return result
   2086 

<decorator-gen-64> in load_ext(self, module_str)

/Users/(ユーザー名)/anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/magic.pyc in <lambda>(f, *a, **k)
    191     # but it's overkill for just that one bit of state.
    192     def magic_deco(arg):
--> 193         call = lambda f, *a, **k: f(*a, **k)
    194 
    195         if callable(arg):

/Users/(ユーザー名)/anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/magics/extension.pyc in load_ext(self, module_str)
     64         if not module_str:
     65             raise UsageError('Missing module name.')
---> 66         res = self.shell.extension_manager.load_extension(module_str)
     67 
     68         if res == 'already loaded':

/Users/(ユーザー名)/anaconda/lib/python2.7/site-packages/IPython/core/extensions.pyc in load_extension(self, module_str)
     82             if module_str not in sys.modules:
     83                 with prepended_to_syspath(self.ipython_extension_dir):
---> 84                     __import__(module_str)
     85             mod = sys.modules[module_str]
     86             if self._call_load_ipython_extension(mod):

/Users/(ユーザー名)/.ipython/extensions/MonkeyBench.py in <module>()
     74 from IPython.core.magic import (register_line_magic, register_cell_magic)
     75 from StringIO import StringIO
---> 76 import pygraphviz as pgv
     77 import cStringIO
     78 

ImportError: No module named pygraphviz

該当のソースコード

%load_ext MonkeyBench

試したこと

3時間ほどgoogleで検索したのですが、リリース直後ということもあり、分からないことだらけです。
御一助いただければ幸いです。

補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)

http://readingmonkey.blog45.fc2.com/
https://gist.github.com/kurubushi--rm

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回答 2

+2

すみません。製作者です。ご苦労かけます。
MonkeyBenchで使ってるパッケージは、ほとんどAnacondaに入っているのですが、
pygraphvizは改めてインストールしないといけないようです。

Anacondaでのpygraphvizですが、次の方法を試してみてください。

(linux, osx)
conda install -c https://conda.anaconda.org/pdrops pygraphviz

(windows)
conda install -c https://conda.anaconda.org/rhishi pygraphviz

(参考)
https://anaconda.org/pdrops/pygraphviz
https://anaconda.org/rhishi/pygraphviz

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  • 2016/04/17 21:16

    直接、読書猿さんに師事をいただく日が来るなんて・・・感激です。うまくいきました。素晴らしいツールをありがとうございます。

    キャンセル

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0

pygraphvizがインストールされていないだけでは?


追記:

「ImportError: No module named」で検索したら、インポートされていない場合の対処がいくつか出てきます。その辺りをご参照ください。
ImportError: No module named - Google 検索

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  • 2016/04/17 13:59

    回答ありがとうございます。
    pip install pygraphviz
    をしてみたのですが以下のようになりました
    ERROR: unknown command "pygraphviz"
    yh:~ yh$ pip install pygraphviz
    [Collecting pygraphviz
    Using cached pygraphviz-1.3.1.tar.gz
    Building wheels for collected packages: pygraphviz
    Building wheel for pygraphviz failed: [Errno 13] Permission denied: '/Users/yh/Library/Caches/pip/wheels/54'
    Failed to build pygraphviz
    Installing collected packages: pygraphviz
    Running setup.py install for pygraphviz ... error
    Complete output from command /Users/yh/anaconda/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/hh/1n8xs8z12pd2t6q69ls3ys0m0000gn/T/pip-build-7gNMVh/pygraphviz/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/hh/1n8xs8z12pd2t6q69ls3ys0m0000gn/T/pip-PfBMli-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
    running install
    Trying pkg-config
    include_dirs=/usr/local/Cellar/graphviz/2.38.0/include/graphviz
    library_dirs=/usr/local/Cellar/graphviz/2.38.0/lib
    running build
    running build_py
    creating build
    creating build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7
    creating build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    copying pygraphviz/__init__.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    copying pygraphviz/agraph.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    copying pygraphviz/graphviz.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    copying pygraphviz/release.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    copying pygraphviz/version.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    creating build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/__init__.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_attribute_defaults.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_attributes.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_clear.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_drawing.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_edge_attributes.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_graph.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_html.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_layout.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_node_attributes.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_readwrite.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_string.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_subgraph.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    copying pygraphviz/tests/test_unicode.py -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/tests
    running egg_info
    writing pygraphviz.egg-info/PKG-INFO
    writing top-level names to pygraphviz.egg-info/top_level.txt
    writing dependency_links to pygraphviz.egg-info/dependency_links.txt
    warning: manifest_maker: standard file '-c' not found

    reading manifest file 'pygraphviz.egg-info/SOURCES.txt'
    reading manifest template 'MANIFEST.in'
    warning: no previously-included files matching '*~' found anywhere in distribution
    warning: no previously-included files matching '*.pyc' found anywhere in distribution
    warning: no previously-included files matching '.svn' found anywhere in distribution
    no previously-included directories found matching 'doc/build'
    writing manifest file 'pygraphviz.egg-info/SOURCES.txt'
    copying pygraphviz/graphviz.i -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    copying pygraphviz/graphviz_wrap.c -> build/lib.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    running build_ext
    building 'pygraphviz._graphviz' extension
    creating build/temp.macosx-10.5-x86_64-2.7
    creating build/temp.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz
    gcc -fno-strict-aliasing -I/Users/yh/anaconda/include -arch x86_64 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -I/usr/local/Cellar/graphviz/2.38.0/include/graphviz -I/Users/yh/anaconda/include/python2.7 -c pygraphviz/graphviz_wrap.c -o build/temp.macosx-10.5-x86_64-2.7/pygraphviz/graphviz_wrap.o
    pygraphviz/graphviz_wrap.c:2954:10: fatal error: 'graphviz/cgraph.h' file not found
    #include "graphviz/cgraph.h"
    ^
    1 error generated.
    error: command 'gcc' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
    Command "/Users/yh/anaconda/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/hh/1n8xs8z12pd2t6q69ls3ys0m0000gn/T/pip-build-7gNMVh/pygraphviz/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/hh/1n8xs8z12pd2t6q69ls3ys0m0000gn/T/pip-PfBMli-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/var/folders/hh/1n8xs8z12pd2t6q69ls3ys0m0000gn/T/pip-build-7gNMVh/pygraphviz/
    よろしくお願いいたします

    キャンセル

  • 2016/04/17 14:23

    すいませんが、遠隔でのインストールのサポートは私の技量ではできません。

    キャンセル

  • 2016/04/17 21:18

    動きました!感動です。プログラミングなんてしたことなかったのに...感謝、感謝です。

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