pip installの後の実行方法の違い（instal後にimportして使わないケースはなに？）

Question

わからないこと

python初心者です。　基本的な質問で申し訳ありません。

pipでパッケージをインストールすると、importして使えるようになると理解していましたが、
pipでインストールした後、パッケージ名？で実行して使用するツールがあります。
「pip install」のあとで「import」して使うケースと、そうではないケース、
この違いはなになのでしょうか。
pythonで書いたツールを配布する場合、pipでインストールして使えると、たしかに便利。
そういうことかと理解しましたが、すっきりしないので、質問しました。

【質問】
・インストール後にpip freezeでバージョンを確認もできますが、通常のimportで使用する　
パッケージとはどこがどう違うのでしょうか？
・このcutadaptのようなツールは、パッケージやモジュールと呼んでもいいのですか？

実際の実行

$ conda activate
(base) $ pip install cutadapt      # インストール
(base) $ pip freeze|grep cutad     # いつものようにバージョン確認
cutadapt==3.2

(base) $ which cutadapt            # インストール先確認
~/anaconda3/bin/cutadapt
(base) $ cutadapt --version        # 実行はimportするのではなく、パッケージ名？
3.2

参考

cutadaptインストール方法

Answer 1

いくつか、こういうものがありますが、pythonのモジュールをダウンロードして、そのファイルをコマンドとして実行しています。

$ which cutadapt
~/.pyenv/shims/cutadapt
$ file `which cutadapt`
/home/user/.pyenv/shims/cutadapt: a /usr/bin/env bash script, ASCII text executable
$ cat `which cutadapt`
#!/usr/bin/env bash
set -e
[ -n "$PYENV_DEBUG" ] && set -x

program="${0##*/}"
if [[ "$program" = "python"* ]]; then
  for arg; do
    case "$arg" in
    -c* | -- ) break ;;
    */* )
      if [ -f "$arg" ]; then
        export PYENV_FILE_ARG="$arg"
        break
      fi
      ;;
    esac
  done
fi

export PYENV_ROOT="/home/user/.pyenv"
exec "/home/user/.pyenv/libexec/pyenv" exec "$program" "$@"

従って、pythonからcutadaptをimportすることも出来ますし、コマンドとして実行することも出来ます。
pip自体がそういうものです。

Comments

[taro373]

pip install cutadapt の操作はモジュールをダウンロードして（しかる場所に）インストールしている
と理解してよいのですね。
そのダウンロードしたモジュールが、コマンドでも実行できるように作られている
（pipコマンドと同じく）
と理解しました。

今回、「pipでインストールする」が頭にあったので、「conda activate」のあと
pip installとしましたが、Anacondaの環境ではここにあるcondaコマンドでインストール
するべきですね
https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/installation.html#installation-with-conda

ここまでの理解に誤りがあればご指摘ただけると助かります

[ppaul]

前半はその通りです。
インストール場所は以下でわかります。
>>> import cutadapt
>>> cutadapt
<module 'cutadapt' from '/home/user/.pyenv/versions/anaconda3-2020.07/lib/python3.8/site-packages/cutadapt/__init__.py'>

後半は原則的にはcondaを使うべきなのでしょうが、私はいつもpipでやっていて特に問題は起きていません。
pythonのモットーはEAFP(easier to ask for forgiveness than permission)です。
https://docs.python.org/ja/3/glossary.html?highlight=eafp
やってみてだめだったら、それから対策を考えれば良いと思っています。