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PyTorch

PyTorchは、オープンソースのPython向けの機械学習ライブラリ。Facebookの人工知能研究グループが開発を主導しています。強力なGPUサポートを備えたテンソル計算、テープベースの自動微分による柔軟なニューラルネットワークの記述が可能です。

機械学習

機械学習は、データからパターンを自動的に発見し、そこから知能的な判断を下すためのコンピューターアルゴリズムを指します。人工知能における課題のひとつです。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

Q&A

1回答

4332閲覧

Tensor型配列の中身をboolから実数にしたい

hamasaki

総合スコア6

PyTorch

PyTorchは、オープンソースのPython向けの機械学習ライブラリ。Facebookの人工知能研究グループが開発を主導しています。強力なGPUサポートを備えたテンソル計算、テープベースの自動微分による柔軟なニューラルネットワークの記述が可能です。

機械学習

機械学習は、データからパターンを自動的に発見し、そこから知能的な判断を下すためのコンピューターアルゴリズムを指します。人工知能における課題のひとつです。

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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2021/01/26 16:04

編集2021/01/28 14:08

前提・実現したいこと

機械学習初心者なのでいろいろとネットに上がっているソースコードをいろいろと試しています。今現在はpyTorchを用いて機械学習の勉強をしています。
ソースコード中の「評価指標の表示」の項目にてscikit-learnのclassification_reportを用いようとしましたが、y_predの配列がTrueとFalseの二値に変わっていたため、コード内の一番最後のprintメソッドに対して以下のようなエラーコードが発生していました。replaceやassignなどのメソッドを用いてTrueとFalseの値を変更しようとしましたがエラーがでて動きませんでした。
どうすればy_predの配列の中身をTrueとFalseから実数値に変えられるでしょうか。もしくはこのコードに書いてある方法以外にy_predを変換できる方法はありますでしょうか

発生している問題・エラーメッセージ

ValueError: Classification metrics can't handle a mix of continuous and binary targets

該当のソースコード

Python

1import torch 2import os 3import numpy as np 4import pandas as pd 5from tqdm import tqdm 6import seaborn as sns 7from pylab import rcParams 8import matplotlib.pyplot as plt 9from matplotlib import rc 10from sklearn.model_selection import train_test_split 11from sklearn.metrics import confusion_matrix, classification_report 12from torch import nn, optim 13import torch.nn.functional as F 14 15RANDOM_SEED = 42 16np.random.seed(RANDOM_SEED) 17torch.manual_seed(RANDOM_SEED) 18 19df = pd.read_csv("./Desktop/work_chem/descriptors_with_pIC50.csv") 20df = df.dropna(how='any') 21#X = df.drop("pIC50", axis=1) 22#X=X.drop(X.columns[np.isnan(X).any()], axis=1) 23#X=df.loc[:,['fr_pyridine','VSA_EState7','VSA_EState4','EState_VSA4','EState_VSA5','fr_unbrch_alkane','PEOE_VSA7','Chi1n','fr_aryl_methyl','fr_bicyclic']] 24X=df.loc[:,['MaxEStateIndex','MinEStateIndex','MaxAbsEStateIndex','MinAbsEStateIndex','qed','MolWt','HeavyAtomMolWt','ExactMolWt','NumValenceElectrons','FpDensityMorgan1']] 25Y = df["pIC50"] 26X = X.drop(X.columns[X.std() == 0], axis=1) # 標準偏差が 0 の特徴量 (記述子) を削除 27autoscaled_X = (X - X.mean()) / X.std() # オートスケーリング 28 29#Tensor変換 30X_train, X_test, Y_train, Y_test = train_test_split(autoscaled_X,Y,test_size=0.25,random_state=RANDOM_SEED) 31X_train = torch.from_numpy(X_train.to_numpy()).float() 32Y_train = torch.squeeze(torch.from_numpy(Y_train.to_numpy()).float()) 33X_test = torch.from_numpy(X_test.to_numpy()).float() 34Y_test = torch.squeeze(torch.from_numpy(Y_test.to_numpy()).float()) 35print(X_train.shape, Y_train.shape) 36print(X_test.shape, Y_test.shape) 37 38#モデル構築 39class Net(nn.Module): 40 def __init__(self,n_features): 41 super(Net, self).__init__() 42 self.fc1 = nn.Linear(n_features, 11) 43 self.fc2 = nn.Linear(11, 5) 44 self.fc3 = nn.Linear(5, 1) 45 46 def forward(self,x): 47 x = F.relu(self.fc1(x)) 48 x = F.relu(self.fc2(x)) 49 return torch.sigmoid(self.fc3(x)) 50 51net=Net(X_train.shape[1]) 52 53# 損失関数 54criterion = nn.BCELoss() 55# 最適化関数 56optimizer = optim.Adam(net.parameters(), lr=0.001) 57# 正解率の計算 58def calculate_accuracy(y_true, y_pred): 59 predicted = y_pred.ge(.5).view(-1) 60 return (y_true == predicted).sum().float() / len(y_true) 61 62def round_tensor(t, decimal_places=3): 63 return round(t.item(), decimal_places) 64 65# 学習 66for epoch in range(1000): 67 y_pred = net(X_train) 68 y_pred = torch.squeeze(y_pred) 69 train_loss = criterion(y_pred, Y_train) 70 if epoch % 100 == 0: 71 # 訓練データの正解率の計算 72 train_acc = calculate_accuracy(Y_train, y_pred) 73 74 # モデル 75 y_test_pred = net(X_test) 76 y_test_pred = torch.squeeze(y_test_pred) 77 78 # 損失関数の計算 79 test_loss = criterion(y_test_pred, Y_test) 80 81 # テストデータの正解率の計算 82 test_acc = calculate_accuracy(Y_test, y_test_pred) 83 84 # 出力 85 print(f'''epoch {epoch} 86 Train set - loss: {round_tensor(train_loss)}, accuracy: {round_tensor(train_acc)} 87 Test set - loss: {round_tensor(test_loss)}, accuracy: {round_tensor(test_acc)} 88 ''') 89 90 # 最適化 91 optimizer.zero_grad() 92 train_loss.backward() 93 optimizer.step() 94 95# モデルの保存 96MODEL_PATH = 'model.pth' 97torch.save(net, MODEL_PATH) 98# モデルの読み込み 99net = torch.load(MODEL_PATH) 100# 評価指標の表示 101classes = ['pIC50'] 102y_pred = net(X_test) 103y_pred = y_pred.ge(5).view(-1).cpu() 104Y_test = Y_test.cpu() 105print(Y_test) 106print(y_pred) 107print(classification_report(Y_test, y_pred, target_names=classes))

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

使用環境:Anaconda3
Jupyter notebook

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回答1

0

y_pred = y_pred.int() でTrueは1に、Falseは0に変換されます。numpyでのastype(int)と同様の動作です。
floatにしたいのであれば、y_pred = y_pred.float()です。

投稿2021/01/30 01:09

編集2021/02/05 08:48
toast-uz

総合スコア3266

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hamasaki

2021/02/05 06:47

回答ありがとうございます。あと、返信遅れてすみません。 y_pred = y_pred.int()として実行を行ったとき、y_testとy_pred配列の形がそれぞれ tensor([4.0000, 4.8500, 4.3010, ..., 7.5700, 6.1000, 5.4100]) tensor([0, 0, 0, ..., 0, 0, 0], dtype=torch.int32) となっていました。エラーは変わらずです。 同じような形状の配列にするためにはどうすればよいでしょうか?
toast-uz

2021/02/05 08:46

floatにしたいのであれば、y_pred = y_pred.float() です。
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