Mac でpip intallがうまくいかない

Question

前提・実現したいこと

macでgwpyというモジュールをpip installしたいです。

発生している問題・エラーメッセージ

import requests, os
import matplotlib.pyplot as plt
%config InlineBackend.figure_format = 'retina'

try:
    from gwpy.timeseries import TimeSeries
except:
    ! pip install -q gwpy
    from gwpy.timeseries import TimeSeries   

としましたところ，

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/pip", line 6, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 3241, in <module>
    @_call_aside
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 3225, in _call_aside
    f(*args, **kwargs)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 3254, in _initialize_master_working_set
    working_set = WorkingSet._build_master()
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 585, in _build_master
    return cls._build_from_requirements(__requires__)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 598, in _build_from_requirements
    dists = ws.resolve(reqs, Environment())
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 786, in resolve
    raise DistributionNotFound(req, requirers)
pkg_resources.DistributionNotFound: The 'pip==20.3.1' distribution was not found and is required by the application
---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-14-140a1446a3c5> in <module>
      5 try:
----> 6     from gwpy.timeseries import TimeSeries
      7 except:

ModuleNotFoundError: No module named 'gwpy'

During handling of the above exception, another exception occurred:

ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-14-140a1446a3c5> in <module>
      7 except:
      8     get_ipython().system(' pip install -q gwpy')
----> 9     from gwpy.timeseries import TimeSeries

ModuleNotFoundError: No module named 'gwpy'

というエラーが出てしまいます。

https://github.com/pypa/pip/issues/6399
の方法でpipを入れ直してみたりしましたが同様のエラーが変わらず出ました。

pip installについての知識が浅いため，他にどうすれば良いのか分かりません。
よろしくお願いいたします。

###補足
ちなみに単純にmacのターミナルで
$pip install gwpy
を行うと，

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/pip", line 6, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 3241, in <module>
    @_call_aside
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 3225, in _call_aside
    f(*args, **kwargs)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 3254, in _initialize_master_working_set
    working_set = WorkingSet._build_master()
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 585, in _build_master
    return cls._build_from_requirements(__requires__)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 598, in _build_from_requirements
    dists = ws.resolve(reqs, Environment())
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources/__init__.py", line 786, in resolve
    raise DistributionNotFound(req, requirers)
pkg_resources.DistributionNotFound: The 'pip==20.3.1' distribution was not found and is required by the application

となりました。

###環境
Catalina 10.15.7
VS code
Python 3.7.3 64-bit('base':conda)
~/anaconda3/bin/python に変更しました

Comments

[jbpb0]

pipじゃなくてpip3で実行したら、どうでしょうか？

MacのOSのバージョンは何ですか？

Pythonのバージョンはいくつですか？

Pythonは、自分でインストールしたのを使ってるのですか？
それとも、MacOSに最初から入ってるのを使ってるのですか？
自分でインストールしたのなら、どれを入れました？ (公式版、Anaconda、、、)

[Lily1007]

/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types.h:70:9: error: unknown type name '__uint16_t'; did you mean '__uint128_t'?
typedef __uint16_t __darwin_mode_t; /* [???] Some file attributes */
^
note: '__uint128_t' declared here
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types.h:71:9: error: unknown type name '__int64_t'
typedef __int64_t __darwin_off_t; /* [???] Used for file sizes */
^
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types.h:72:9: error: unknown type name '__int32_t'; did you mean '__int128_t'?
typedef __int32_t __darwin_pid_t; /* [???] process and group IDs */
^
note: '__int128_t' declared here
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types.h:73:9: error: unknown type name '__uint32_t'; did you mean '__uint128_t'?
typedef __uint32_t __darwin_sigset_t; /* [???] signal set */
^
note: '__uint128_t' declared here
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types.h:74:9: error: unknown type name '__int32_t'; did you mean '__int128_t'?
typedef __int32_t __darwin_suseconds_t; /* [???] microseconds */
^
note: '__int128_t' declared here
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types.h:75:9: error: unknown type name '__uint32_t'; did you mean '__uint128_t'?
typedef __uint32_t __darwin_uid_t; /* [???] user IDs */
^
note: '__uint128_t' declared here
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types.h:76:9: error: unknown type name '__uint32_t'; did you mean '__uint128_t'?
typedef __uint32_t __darwin_useconds_t; /* [???] microseconds */
^
note: '__uint128_t' declared here
In file included from src/segments.c:29:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.8/include/python3.8/Python.h:25:
In file included from /usr/local/include/stdio.h:107:
In file included from /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/stdio.h:64:
In file included from /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/_stdio.h:71:
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/_types.h:43:9: error: unknown type name '__uint32_t'; did you mean '__uint128_t'?
typedef __uint32_t __darwin_wctype_t;
^
note: '__uint128_t' declared here
In file included from src/segments.c:29:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Library/Frameworks/Python3.framework/Versions/3.8/include/python3.8/Python.h:25:
In file included from /usr/local/include/stdio.h:107:
In file included from /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/stdio.h:64:
In file included from /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/_stdio.h:75:
In file included from /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/sys/_types/_va_list.h:31:
/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include/machine/types.h:37:2: error: architecture not supported
#error architecture not supported
^
fatal error: too many errors emitted, stopping now [-ferror-limit=]
20 errors generated.
error: command 'clang' failed with exit status 1

ERROR: Failed building wheel for ligo-segments
ERROR: Could not install packages due to an EnvironmentError: [Errno 13] Permission denied:

[Lily1007]

すみません、pip3で行ったときのerrorが長すぎて投稿出来ません。

[Lily1007]

さいごの---------の部分では
ERROR: Failed building wheel for ligo-segments
Running setup.py clean for ligo-segments
Failed to build ligo-segments
Installing collected packages: ligotimegps, tqdm, numpy, h5py, chardet, idna, urllib3, certifi, requests, gwosc, pycparser, cffi, cryptography, pyOpenSSL, ligo-segments, gwdatafind, dqsegdb2, kiwisolver, cycler, pillow, pyparsing, matplotlib, scipy, pyerfa, astropy, gwpy
ERROR: Could not install packages due to an EnvironmentError: [Errno 13] Permission denied: '/Library/Python/3.8'
Consider using the `--user` option or check the permissions.

WARNING: You are using pip version 19.2.3, however version 20.3.3 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.

[jbpb0]

別の質問にお書きの内容からして、AnacondaのPython 3.7を入れてお使いなのですね
その場合は、pipではなくpip3を実行します

この質問に挙げられてるエラーはPython 2.7のものなので、pip3ではなくpipを実行したために、OS付属のPython 2.xに入れようとしてることになってるのだと思います

[Lily1007]

先程このスレッドにて投稿したエラーはpip3 install gwpyを行って出てきたのですが，どうすればよいのでしょうか

[jbpb0]

Macのターミナルで、
sudo pip3 install gwpy
としてみてください

[jbpb0]

MacにAnacondaをインストールしてから今までに、何かをpip(pip3)で追加インストールしたり、アップデートしたりしたことは無いのでしょうか？

[Lily1007]

sudo pip3 installする場所も指定はございますか？
$~にて単純に行ったところ，
ERROR: You must give at least one requirement to install (see "pip help install")
WARNING: You are using pip version 19.2.3, however version 20.3.3 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
というエラーがでました

[jbpb0]

その場合は、先にpipをアップデートしますが、Anacondaの場合は、極力そういうのはcondaでやった方がいいです

まず、ターミナルで、
conda update conda
を実行します
一通り終わっても、念の為に上記をもう一回やって、全部新しい的な表示がされるまで、それを繰り返します

次に、
conda update --all
を実行します
こちらも、全部新しい的な表示がされるまで、繰り返します

上記が終わったら、Anacondaが管理しているパッケージ(pipを含む)が最新になるので、その上で、
sudo pip3 ...
を行います

ただし、もし、Anaconda入れてからずーーーっと全くアップデートをしてないなら、かなり溜まっているので、時間かかると思います

また、もしかしたらいろいろと矛盾が出てきて、すんなりとアップデートできないかもしれません
たいていは大丈夫ですが、万が一アップデートでAnaconda環境が壊れてもいいように、現在の環境を再現する手順は確認しておいてください (Anacondaに何を追加でインストールしたらいいか、等)
もしAnaconda環境が壊れたら、回復しようとしていろいろ試行錯誤するよりも、一からAnacondaを入れ直す方が早かったりしますので
(そこまでなることは、めったにないですが)

[jbpb0]

conda ...
を実行したときに「Permission denied」って表示されたら、conda にも左に sudo 付けてください

[Lily1007]

Anacondaではなく，VScodeを使用しております…

[quickquip]

情報はこの欄ではなくて質問に追記していく方がいいですよ。というかそうしてください。
jupyterが起動しているなら

import sys
print(sys.executable)

を実行した結果を質問に貼った方が早いかもしれません。
（原因の原因は"今自分が使っているPythonがどこにどう入っているか認識していないこと"かと思います）

[jbpb0]

https://teratail.com/questions/313189
の 2020/12/31 10:28 にお書きになったエラーの中に
「~/anaconda3/lib/python3.7/codecs.py in write(self, object)」
って書いてあったから、AnacondaのPython 3.7を使ってるのだと思ったのですが、違うのですか？

[Lily1007]

ご指摘ありがとうございます。
エラーの内容は文字数制限の為に追記出来ませんでした。
環境については追記しました

[jbpb0]

Anacondaは、Pythonを管理するためのもの
VS Codeはエディター
だから、別物です

Anaconda版のPythonをインストールして、Pythonのコードを書いたり実行したりするのにVS Codeを使っている、ということではないのですか？

[jbpb0]

> 環境については追記しました

どこにでしょうか？

[Lily1007]

前回とは完全に独立した解析を行っております。
その際にVScodeでpythonのversionを選択する際にいつも適当に選択しておりました。無知で申し訳ございません。先程、~/anaconda3/bin/pythonとなるversionを選択しました

[Lily1007]

てっきりAnacondaはjupyter(エディター)を用いる為にインストールしたものだと思っておりました。VSコードを始める際にもPythonをインストールしたのですがそれとは別物なのでしょうか？

[jbpb0]

> VSコードを始める際にもPythonをインストールしたのですがそれとは別物なのでしょうか？

別物です
Anacondaには、Python本体も、必要なモジュールも一式入っていて、それだけで完結して使えるものです

なので、おそらく現在質問者さんのMacには、Python 3.xだけでも、
・Catalina付属のもの
・Anaconda
・VSコードを始める際に入れたもの
の3種類入っていると思います
自分が今どれを使っているのかをちゃんと把握しながらじゃないと、ハマります
pip3で入れたはずなのにimportできない、とか

[Lily1007]

まさに幾つも入っている状態で何が何だか全く理解しておりません。
環境にあるようなpython環境で行いたいのですが
https://github.com/pypa/pip/issues/6399
の方法を試しても変わらず質問と同じエラーが出てしまいます。

[jbpb0]

まず、自分が今後使ってくPython 3.xをどれにするのかを決めます
それ以外のものは、可能なものは削除します
MacOS付属のものは削除できないけど、AnacondaとVS Codeのために入れたのは、要らない方は削除する

それから、今後使うと決めたものだけを確実に使えるように、全ての設定を確認して、設定を直す
環境変数pathがどうなっているのか？
(python3とかpip3とか実行した場合に、自分が使いたいものが動くように)
VS Codeからpython起動することがあるなら、その設定も
jupyter使うなら、その設定も
そういうことを全部確認して、間違っているところがあれば直す

そこまで終わって、やっとスタートラインです
pip3で何か追加したりできるのは、その後

[jbpb0]

ここの上の方で手順書いたのは、Anaconda版のPythonを使ってると思ったから、それでの手順(conda...)を書きました
Anacondaではない方を今後使っていくのなら、pip3のアップデートのやり方とか違います

[Lily1007]

複数のPythonについての違いがよく分かりました。
色々入っていたPythonを削除してAnaconda3にあるPython 3.7.3を使用することにしました。そしてcondaを使用して無事gwpyを入れる事が出来ました！
パッケージ１つのインストールですが，多くのことをjbpb0様から知ることができました。本当にありがとうございます。今後ともよろしくお願いいたします。

Answer 1

別の質問にお書きの内容からして、AnacondaのPython 3.xを入れてお使いなのですね
その場合は、pipではなくpip3を実行します
(コマンドの最初にsudoを付ける必要があるかも)

この質問に挙げられてるエラーはPython 2.7のものなので、pip3ではなくpipを実行したために、OS付属のPython 2.xに入れようとしてることになってるのだと思います