（Anaconda環境の最適なパッケージ管理方法）conda installとconda uninstallで同じパッケージ名なのに対象となるmoduleが異なる

前提

Windows 10
Anacondaで仮想環境を構築しpythonを使用

知りたいこと

Anacondaの仮想環境の中でエラーが発生し、特定のパッケージを一度アンインストール → 再度インストールしたい場合、
conda uninstall [パッケージ名]で対象になるモジュールと
conda install [パッケージ名]で対象になるモジュールが異なる場合があります。

そのため、これらを実行すると、パッケージ間の依存関係が壊れてしまうことがあります。

特定のパッケージをapple to appleでアンインストール＋再インストールする方法はないでしょうか。
また、Anacondaで仮想環境を構築している皆様、依存関係を壊さないよう、どのようにパッケージ管理されていますか？
コツがあったら教えてください。
下名思いつくのはPipコマンドをできるだけ使わないようにすることくらいです。

例

pyzmqというパッケージを一度アンインストール → 再度インストール

アンインストール時：19個のパッケージがREMOVEされている　　
インストール時：3個のパッケージしかINSTALLされていない

例えば、ipykernel（★）は、再インストールされない。
同環境内で別のパッケージがipykernelを使用していた場合、ModuleNotFoundError: ipykernelとなってしまう。

Uninstall
1(my_env) C:\Users\koyamashinji>conda uninstall pyzmq
2Collecting package metadata (repodata.json): done
3Solving environment: done
4
5## Package Plan ##
6  environment location: C:\Users\koyamashinji\anaconda3\envs\my_env
7  removed specs:
8    - pyzmq
9
10The following packages will be REMOVED:
11
12  colorama-0.4.4-py_0
13  decorator-4.4.2-py_0
14  ipykernel-5.3.4-py36h5ca1d4c_0 （★）
15  ipython-5.8.0-py36_1
16  ipython_genutils-0.2.0-pyhd3eb1b0_1
17  jupyter_client-6.1.7-py_0
18  jupyter_core-4.7.0-py36haa95532_0
19  libsodium-1.0.18-h62dcd97_0
20  pickleshare-0.7.5-pyhd3eb1b0_1003
21  prompt_toolkit-1.0.15-py_1
22  pygments-2.7.2-pyhd3eb1b0_0
23  python-dateutil-2.8.1-py_0
24  pywin32-227-py36he774522_1
25  pyzmq-20.0.0-py36hd77b12b_1
26  simplegeneric-0.8.1-py36_2
27  tornado-6.1-py36h2bbff1b_0
28  traitlets-4.3.3-py36_0
29  wcwidth-0.2.5-py_0
30  zeromq-4.3.3-ha925a31_3

Install
1(my_env) C:\Users\koyamashinji>conda install pyzmq
2Collecting package metadata (current_repodata.json): done
3Solving environment: done
4
5## Package Plan ##
6
7  environment location: C:\Users\koyamashinji\anaconda3\envs\my_env
8
9  added / updated specs:
10    - pyzmq
11
12
13The following NEW packages will be INSTALLED:
14
15  libsodium          pkgs/main/win-64::libsodium-1.0.18-h62dcd97_0
16  pyzmq              pkgs/main/win-64::pyzmq-20.0.0-py36hd77b12b_1
17  zeromq             pkgs/main/win-64::zeromq-4.3.3-ha925a31_3

行動規範の内容に同意します

回答1件

自己解決

特定のパッケージをapple to appleでアンインストール＋再インストールする方法はないでしょうか。

conda installとconda uninstallは、環境が壊れていない限り、全く同じパッケージをインストール、アンインストールします。
私の環境は、質問をした時点で既に壊れていたことがわかりました。おそらく、以前にjupyterまわりのパッケージをpipでインストールしていた為だと思われます。

また、Anacondaで仮想環境を構築している皆様、依存関係を壊さないよう、どのようにパッケージ管理されていますか？

色々調べたり、試したりしているうちに、以下のことに気づいたので記しておきます（随時追加していきます）。

Anacondaでサポートされているpythonのバージョンで環境構築すること

ここを確認の上、conda create -n my_env python==versionすること。
python==versionを指定しない場合、現時点で最新のバージョンで環境構築される（2020年12月時点では、python3.8.3かpyton3.9のため、Anacondaのサポート外）。

conda install/uninstallとpip install/uninstallの挙動の違いをしっかり理解すること（以下参照）。

conda install/uninstall

(my_env) C:\Users> conda install package_A  

# Installs : package_A + dependencies(dependency_1, dependency_2, dependency_3)
  

(my_env) C:\Users> conda uninstall package_A

# Uninstalls : package_A + dependencies(dependency_1, dependency_2, dependency_3)

(my_env) C:\Users> conda install package_A

# Installs : package_A + dependencies(dependency_1, dependency_2, dependency_3)    
  

(my_env) C:\Users> conda uninstall dependency_1

# Uninstalls : package_A + dependencies(dependency_1, dependency_2, dependency_3)

pip install/uninstall

(my_env) C:\Users> pip install package_A  

# Installs : package_A + dependencies(dependency_1, dependency_2, dependency_3)
  

(my_env) C:\Users> pip uninstall package_A

# Uninstalls : package_A ONLY

(my_env) C:\Users> pip install package_A

# Installs : package_A + dependencies(dependency_1, dependency_2, dependency_3)    
  

(my_env) C:\Users> pip uninstall dependency_1

# Uninstalls : dependency_1 ONLY

投稿2020/12/12 13:15

編集2020/12/12 13:34

koyamashinji

総合スコア45