networks:ラベルに対するkey error

Question

以下のようなCSVファイルからデータをダウンロードし、
一定距離内にある原子（ノード）をエッジでつなぎ、
それをnetworkxからdglへと変換する過程においてエラーが発生しました。

#読み込んだデータ
pandas.read_csvを用いて以下のようなデータをロードしました。

             Xnm        Ynm        Znm       Mass  element  Cluster
0      23.481321  -7.134153 -39.491711  11.996704        0        1
1      23.853514  -7.915858 -39.470348  11.994069        0        1
2      24.003975  -7.988654 -39.413750  13.089952        0        1
3      22.822966  -7.829986 -39.594307  13.992764        1        1
4      21.998539  -7.488298 -39.792698  14.035108        1        1
...          ...        ...        ...        ...      ...      ...
91324  -6.768085 -11.560308  33.360088  12.003025        0     1000
91325  -9.146031 -10.729319  33.862568  12.499396        0     1000
91326 -11.821389 -11.540415  34.308655  12.985589        0     1000
91327 -13.612114  -9.707627  35.039318  14.013540        1     1000
91328  -7.447951 -10.075975  33.741989  12.998513        0     1000

#実装内容

dgl_graph_data = []
nx_graph_data =[]
cutoff =1.30

for l in range(1000):
  df1 = df[df["Cluster"]==l+1].reset_index(drop=True)#クラスター番号を抽出
  G = nx.Graph()
  for i in range(len(df1)-2):
    x = df1.loc[i,"Xnm"]
    y = df1.loc[i,"Ynm"]
    z = df1.loc[i,"Znm"]
    element = df1.loc[i,"element"]
    G.add_node(i,Xnm=x,Ynm=y,Znm=z,Element=element) 
    nx.draw(G)

    df2 = df1.loc[i+1,"Xnm":"Znm"]- df1.loc[i,"Xnm":"Znm"]
    df3 = df2*df2
    df4 = np.sqrt(df3.sum(axis=0))
    df5 = df4[df4<cutoff] #原子間の距離を判定
    for j in df5.index:
      G.add_edge(i,j)
  H = dgl.from_networkx(G,node_attrs=["Xnm","Ynm","Znm","Element"])
  dgl_graph_data.append(H)
  nx_graph_data.append(G)

#エラー内容

KeyError                                  Traceback (most recent call last)
<ipython-input-34-f103bb7d2140> in <module>()
     21     for j in df5.index:
     22       G.add_edge(i,j)
---> 23   H = dgl.from_networkx(G,node_attrs=["Xnm","Ynm","Znm","Element"])
     24   dgl_graph_data.append(H)
     25   nx_graph_data.append(G)

/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/dgl/convert.py in from_networkx(nx_graph, node_attrs, edge_attrs, edge_id_attr_name, idtype, device)
   1003         for nid in range(g.number_of_nodes()):
   1004             for attr in node_attrs:
-> 1005                 attr_dict[attr].append(nx_graph.nodes[nid][attr])
   1006         for attr in node_attrs:
   1007             g.ndata[attr] = F.copy_to(_batcher(attr_dict[attr]), g.device)

KeyError: 'Xnm'

一体、どのようにすればnetworkxからdgl形式へと変換することができますか。

Comments

[toast-uz]

エラー表示と違うので自信はありませんが
G,node_attrs=["Xnm","Ynm","Znm","Element"]
の最後のElementのEが大文字なのは、問題ありませんか？

[eme]

試しに、小文字でelementと書き直したところ、
KeyError: "element"に変化しました。
大文字で問題ないと思います。

[toast-uz]

KeyError: 'Xnm' というエラーメッセージだったのが、KeyError: "element" に変化したということでしょうか？

[eme]

その通りです。

あと、G.node_attrs=["Xnm","Ynm","Znm"]に書き換えると、
KeyError: "Xnm"です。

[toast-uz]

ついでにお聞きすると
G,node_attrs=["Ynm","Znm","Element"]
とするとエラーは出ない（Xnmだけアトリビュートとして認識されていない）のでしょうか？

[eme]

"Xnm"を削除すると今度は、
KeyError: "Ynm"になりました。

[toast-uz]

ありがとうごさいます。再現実行してみようとしましたが、
for j in df5.index:
AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'index'
と出ちゃって質問者様のエラーまでたどり着けませんでした。

Answer 1

for l in range(1000):
  df1 = df[df["Cluster"]==l+1].reset_index(drop=True)#ここでクラスター番号を抽出
  G = nx.Graph()
  for i in range(len(df1)):
    G.add_node(i,Xnm = df1.loc[i,"Xnm"],Ynm = df1.loc[i,"Ynm"],Znm = df1.loc[i,"Znm"],Element = df1.loc[i,"element"]) #nodeの追加
    df2 = df1.loc[i+1:,"Xnm":"Znm"]- df1.loc[i,"Xnm":"Znm"]
    df3 = df2*df2
    df4 = np.sqrt(df3.sum(axis=1))
    df5 = df4[df4<cutoff]
    for j in df5.index:
      G.add_edge(i,j) 
  H = dgl.from_networkx(G,node_attrs=["Xnm","Ynm","Znm","Element"]) #netwokxからdglに変換
  dgl_graph_data.append(H)
  nx_graph_data.append(G)

のように、df2 = df1.loc[i+1:,"Xnm":"Znm"]とコロンを挿入することで動きました。