pythonでのnpy形式のファイル読み込み及び表示

Question

前提・実現したいこと

pythonでプログラミングを勉強しています。pythonで理解する統計解析、という本を利用しています。https://github.com/ghmagazine/python_stat_sampleこのページにおいてあるデータを使用しています。npy形式で保存されたファイルを読み込み、表示しようとしています。使用している環境はgoogleColaboratoryです。

発生している問題・エラーメッセージ

Drive already mounted at /content/drive; to attempt to forcibly remount, call drive.mount("/content/drive", force_remount=True).
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-fb986393b9c0> in <module>()
      8 get_ipython().magic('precision 3')
      9 pd.set_option('precision',3)
---> 10 anscombe_data = np.load('drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy')
     11 print(anscombe_data.shape)
     12 anscombe_data[0]

/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/numpy/lib/npyio.py in load(file, mmap_mode, allow_pickle, fix_imports, encoding)
    455             # Try a pickle
    456             if not allow_pickle:
--> 457                 raise ValueError("Cannot load file containing pickled data "
    458                                  "when allow_pickle=False")
    459             try:

ValueError: Cannot load file containing pickled data when allow_pickle=False

該当のソースコード

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')
import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

%precision 3
pd.set_option('precision',3)
anscombe_data = np.load('drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy')
print(anscombe_data.shape)
anscombe_data[0]

試したこと

調べたところallow_pickleがデフォルトでFalseになっているとのことなので
anscombe_data = np.load('drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy', allow_pickle=True)
としましたが
OSError: Failed to interpret file 'drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy' as a pickle
と表示されてしまいます。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

使用している環境はgoogleColaboratoryです。

Comments

[meg_]

ファイルへのパスを「/content」からのパスで書いてはどうでしょうか？

[nao-na]

ご意見ありがとうございます。私はpython初心者なので理解度が足りないのですが、/contentからのパスとは絶対パスといわれるようなものでしょうか。そうなのだとしたら、import os　os.path.abspath()で取得すればよいのでしょうか。

[meg_]

'drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy'を/content/'drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy'にしてみてはどうですか？という意味でした。

[nao-na]

anscombe_data = np.load(/content/'drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy'allow_pickle=True)
としたところ、
anscombe_data = np.load( /content/ 'drive/My
^
SyntaxError: invalid syntax
のようなエラーが発生しますが/content/の使用方法として正しいでしょうか。

[meg_]

すみません。'の位置が間違ってました。正しくは「'/content/drive/My Drive/dataB/ch3_anscombe.npy'」でした。

Answer 1

最初は質問内容をみて、古いnumpyとの非互換かと思って調べましたが、特に何もオプションを入れなくてもロード可能でした。（numpy 1.18.5）

正しいファイルを落としているか確認ください。（サイズ784バイト）

import numpy as np
arr = np.load('ch3_anscombe.npy')
print(arr)

出力結果

[[[10.    8.04]
  [ 8.    6.95]
  [13.    7.58]
  [ 9.    8.81]
  [11.    8.33]
  [14.    9.96]
  [ 6.    7.24]
  [ 4.    4.26]
  [12.   10.84]
  [ 7.    4.82]
  [ 5.    5.68]]

 [[10.    9.14]
  [ 8.    8.14]
  [13.    8.74]
  [ 9.    8.77]
  [11.    9.26]
  [14.    8.1 ]
  [ 6.    6.13]
  [ 4.    3.1 ]
  [12.    9.13]
  [ 7.    7.26]
  [ 5.    4.74]]

 [[10.    7.46]
  [ 8.    6.77]
  [13.   12.74]
  [ 9.    7.11]
  [11.    7.81]
  [14.    8.84]
  [ 6.    6.08]
  [ 4.    5.39]
  [12.    8.15]
  [ 7.    6.42]
  [ 5.    5.73]]

 [[ 8.    6.58]
  [ 8.    5.76]
  [ 8.    7.71]
  [ 8.    8.84]
  [ 8.    8.47]
  [ 8.    7.04]
  [ 8.    5.25]
  [19.   12.5 ]
  [ 8.    5.56]
  [ 8.    7.91]
  [ 8.    6.89]]]

Comments

[nao-na]

ファイルを再度ダウンロードしたところ動作しました。初歩的なミスに時間を割かせてしまってすみません。