python HDF5 保存したデータに追記する方法（mode='a'の使い方)

Question

HDF5で作ったデータセットに追記したいです
参考
https://qiita.com/simonritchie/items/23db8b4cb5c590924d95

ファイルの書き込みと読み込みまではできたのですが
参考にはmode='a'について書かれておらず
すでに作ったファイルに追記する方法がわからず困っています

h5py.Fileのmode=aの正しい使い方を知ってる人教えてください
試したこと

import numpy as np
import h5py
import time
arr=np.random.rand(10,10)
with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
    group = f.create_dataset(name='/appele',data=arr)
print(arr)

---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-3-6156a71486b0> in <module>
      5 arr=np.random.rand(10,10)
      6 with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
----> 7     group = f.create_dataset(name='/appele',data=arr)
      8 print(arr)

~\Anaconda3\envs\pyflan\lib\site-packages\h5py\_hl\group.py in create_dataset(self, name, shape, dtype, data, **kwds)
    137             dset = dataset.Dataset(dsid)
    138             if name is not None:
--> 139                 self[name] = dset
    140             return dset
    141 

~\Anaconda3\envs\pyflan\lib\site-packages\h5py\_hl\group.py in __setitem__(self, name, obj)
    371 
    372             if isinstance(obj, HLObject):
--> 373                 h5o.link(obj.id, self.id, name, lcpl=lcpl, lapl=self._lapl)
    374 
    375             elif isinstance(obj, SoftLink):

h5py\_objects.pyx in h5py._objects.with_phil.wrapper()

h5py\_objects.pyx in h5py._objects.with_phil.wrapper()

h5py\h5o.pyx in h5py.h5o.link()

OSError: Unable to create link (name already exists)

Answer 1

h5py.Fileのmode='a'は、
[読み込み、書き込み]モードのことで、
追記する機能ではありません

h5pyのドキュメント

追記は、以下手順でできます

1. mode='a'で読み込んでデータを取得し、
2. 取得したデータに追記し、
3. ファイル内のDBを削除し、
4. 追記したデータを記載する

import numpy as np
import h5py
import time
arr=np.random.rand(10,10)
with h5py.File('sample.hdf5', mode='a') as f:
    #1
    arr2 = f["appele"].value
    #2
    arr3 = np.concatenate([arr2,arr])
    #3
    del f["appele"]
    #4
    group = f.create_dataset(name='/appele',data=arr3)
print(arr)

Answer 2

すでに存在するdatasetと同じ名前で再度datasetを作ろうとしてエラーになっているようです。
別の名前にすれば解決すると思います。

同じ名前のデータセットで値を更新したい場合は下記のようにします。
...(Ellipsis)を使っている例をよく見ますが、空のスライスでも動きます。

import numpy as np
import h5py

arr = np.random.rand(10, 10)
with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
    dataset = f['appele']
    dataset[...] = arr   # dataset[:] = arr でもOK

既存のものを削除してから再作成でもできます。
確認したことはないですが、なんとなく効率が悪そうな気がします。
型やサイズが変わる場合は上の方法ではできないので、こちらのやり方になります。

import numpy as np
import h5py

arr = np.random.rand(10, 10)
with h5py.File('replay_deta/sample.hdf5', mode='a') as f:
    del f['appele']
    group = f.create_dataset(name='/appele', data=arr)