Android4.1とFlutterの相性問題です。
本現象はFlutterの公式にも不具合報告されていますが「気にするな」でクローズされています!!
時間が解決するものと思いますが、直近でFlutterをお使いの場合、Android4.0に戻すか、他のVSCode等の環境を使うかを、真剣に考えた方がよさそうです。
私の環境(macOS 10.15.7)で、Android Studio4.0とFlutter1.22.1で問題なく動作していました。このご質問をみてAndroid Studioを4.1にアップグレードしてみたら、まずFlutterとDartのプラグインが消えるという事象が発生し、再度入れてみても、質問者様と同様でflutter doctorでエラーが出るようになりました。
Android4.1はリリース直後ですし、Flutterとの組み合わせで、すでに不具合がいろいろ報告されているようです。Flutter公式のissueにもたくさん、それ以外だと無数に不具合報告がされており、公式の対応も投げやりのようです。
Flutter Doctor: Android Studio 4.1 is not detected
意訳: これは表示だけの問題だから気にするな! クローズ! ★今回の質問者様と私の状況です。
Android studio crashing with upgrade in flutter on 4.1 latest
意訳: これはFlutterが原因じゃ無いから知ったことか! クローズ!
Can't build for Android after upgrading to Android Studio Gradle plugin to 4.1.0
(これは対応中)
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2020/10/15 10:01