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Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

Ubuntu

Ubuntuは、Debian GNU/Linuxを基盤としたフリーのオペレーティングシステムです。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

Q&A

1回答

3480閲覧

LAMMPS ; 同じフォルダ内で読み込めるファイルと読み込めないファイルがある

Watanabe-19WD

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Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2020/09/11 07:22

前提・実現したいこと

PythonをつかってLAMMPSという分子動力学シミュレーションを行うコードを動かしています。
公式チュートリアルにあったin.ljというファイルは読み込めたのですが、他のサイトを参考にして作成したin.lmpというインプットファイルが読み込めませんでした。どちらも同一フォルダ内にあります。以下のエラーメッセージが発生します。
インプットファイルに不備があってエラーするならまだいいのですが、ファイルが見つからないと表記されるのはなぜでしょうか。

発生している問題・エラーメッセージ

Reading data file ... ERROR on proc 0: Cannot open file data.ch: No such file or directory (../read_data.cpp:1949) -------------------------------------------------------------------------- MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD with errorcode 1. NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. You may or may not see output from other processes, depending on exactly when Open MPI kills them.

該当のソースコード

in.ljを読み込んだときは

python

1from lammps import lammps 2lmp=lammps() 3lmp.file("in.lj")

を実行して

ubuntu

1LAMMPS (24 Aug 2020) 2Lattice spacing in x,y,z = 1.6795962 1.6795962 1.6795962 3Created orthogonal box = (0.0000000 0.0000000 0.0000000) to (33.591924 33.591924 33.591924) 4 1 by 1 by 1 MPI processor grid 5Created 32000 atoms 6 create_atoms CPU = 0.005 seconds 7Neighbor list info ... 8 update every 20 steps, delay 0 steps, check no 9 max neighbors/atom: 2000, page size: 100000 10 master list distance cutoff = 2.8 11 ghost atom cutoff = 2.8 12 binsize = 1.4, bins = 24 24 24 13 1 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 0 0 14 (1) pair lj/cut, perpetual 15 attributes: half, newton on 16 pair build: half/bin/atomonly/newton 17 stencil: half/bin/3d/newton 18 bin: standard 19Setting up Verlet run ... 20 Unit style : lj 21 Current step : 0 22 Time step : 0.005 23Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 13.82 | 13.82 | 13.82 Mbytes 24Step Temp E_pair E_mol TotEng Press 25 0 1.44 -6.7733681 0 -4.6134356 -5.0197073 26 100 0.7574531 -5.7585055 0 -4.6223613 0.20726105 27Loop time of 1.30481 on 1 procs for 100 steps with 32000 atoms 28 29Performance: 33108.330 tau/day, 76.640 timesteps/s 30100.6% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads 31 32MPI task timing breakdown: 33Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total 34--------------------------------------------------------------- 35Pair | 1.1002 | 1.1002 | 1.1002 | 0.0 | 84.32 36Neigh | 0.16345 | 0.16345 | 0.16345 | 0.0 | 12.53 37Comm | 0.011967 | 0.011967 | 0.011967 | 0.0 | 0.92 38Output | 0.0005875 | 0.0005875 | 0.0005875 | 0.0 | 0.05 39Modify | 0.02399 | 0.02399 | 0.02399 | 0.0 | 1.84 40Other | | 0.004583 | | | 0.35 41 42Nlocal: 32000.0 ave 32000 max 32000 min 43Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44Nghost: 19657.0 ave 19657 max 19657 min 45Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46Neighs: 1.20283e+06 ave 1.20283e+06 max 1.20283e+06 min 47Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 49Total # of neighbors = 1202833 50Ave neighs/atom = 37.588531 51Neighbor list builds = 5 52Dangerous builds not checked 53Total wall time: 0:00:01

となりますが、in.lmpに変えた

python

1from lammps import lammps 2lmp=lammps() 3lmp.file("in.lmp")

を実行したときは

ubuntu

1LAMMPS (24 Aug 2020) 2Reading data file ... 3ERROR on proc 0: Cannot open file data.ch: No such file or directory (../read_data.cpp:1949) 4-------------------------------------------------------------------------- 5MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD 6with errorcode 1. 7 8NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes. 9You may or may not see output from other processes, depending on 10exactly when Open MPI kills them. 11--------------------------------------------------------------------------

となります。

試したこと

各ツールの再起動やこのエラーメッセージでググってみましたが解決策はわかりませんでした。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

Ubuntu 20.04.1 LTS (Focal Fossa)
Python 3.8.2

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guest

回答1

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エラーメッセージによると、data.chというファイルが見つからないようです
in.lmpの中で、data.chを参照するようになってませんか?

投稿2020/11/20 22:23

jbpb0

総合スコア7653

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