決まりはない(と思う)ので自分がわかりやすいように好きなように書けばいいです。
参考までに私の場合ですが、基本一行一関数で書いていきます。
面倒なのは、同じ関数が複数回出てきたりとかした場合ですが、そこはもう尚更好きにしてください。
以下のサンプルでは括弧書きにし、以降のツリーは省略しています。
TEXT
1fncA
2 +- fncAB
3 | +- fncABA
4 +- fncAC
5 +- (fncAB)
フリーソフトで関数ツリーを出力してくれるのがあるので、そういうのを参考にするのもいいかもしれません。