サブモジュールのURLを一括で変更したいのですが、.gitmoduleファイルを変更しても反映されませんでした。
具体的には、A（開発環境）からB（本版環境）に変更しましたが、git submodule updateするとAのURLからクローンします。

A
1[submodule "assets/core"]
2	path = assets/core
3	url = username@example.com:~/repo/core.git

B
1[submodule "assets/core"]
2	path = assets/core
3	url = ~/repo/core.git

その他の情報

Git submoduleを使っているプロジェクトをクローンしました。
gitのメインとなるリポジトリ、サブモジュールのリポジトリは公開サーバー側にあり、ssh経由でクローンしています。
サブモジュール数は20くらいあるのと、今後のために手作業ではなく自動化する方法を考えています。
できれば、.gitmoduleファイルの内容を再設定できればよいと思っています。
git submodule init をしても変更されていないようです。
.git/configを編集して、URLを/home/username/repo/core.gitに変更するとgit submodule updateが意図とおりになりました。