環境をいじることによって動作がおかしくなるとかよくわからん謎のエラーに悩まされるといったよくある問題のことです。
環境変数や、拡張子関連付け、Explorerの右クリックメニューへの追加、あるいはC:\Windows以下への書き込みなどが必要ないソフトなら、ZIPが良いでしょう。
それらが必要なソフトの場合は、インストーラーを使わないと、自分で手動でやることになりますが、何をどうやれば良いかが把握できていて、自分で間違いなく出来るのであれば、これもZIPで良いかと思います。
初心者が、上記をよく分からないままググって設定しようとして失敗すると、最悪バックアップから戻す検討までする必要があります。初心者の場合はこのリスクが大きいかと思います。
(拡張子exeの関連付けを変えてしまってほとんどのプログラムが起動できなくなっていた質問者もいます)
インストーラーの場合は、上記をするかどうか、チェックボックスで指定するようになっているケースが多いと思いますが、説明を読まずにデフォルトで進めて、思っていたのと違うというのが、あなたの言うインストーラーのリスクではないかと思います。
出来の悪いインストーラーが不要な設定までしてしまうリスクももちろんありますが、インストーラーとZIPの両方が用意されているようなケースだと、経験上は大丈夫なインストーラーが多いと思っています。
抱き合わせで別のソフトをインストールしようとするインストーラーもありますが、これもチェックボックスで不要を選択できないものには出会ったことが無いです(まあ、こういうのはまずZIPは用意されてないのでインストーラー一択ですが)。