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Male_soprano

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前提・実現したいこと

下記のテキストファイルのうち,例えば大文字の羅列の21文字目から30文字目を抽出して,">"以降の行から改行して追加したいです.
しかし,ファイルの行を1行づつ読み込んだあとの作業を具体的にどうするのか,全く見当がつきません.

尚,このファイルは約1000行のファイルを縮小・簡略化したものである為,行の指定含め自動化してくれるような完成形の一例を示していただけますと幸いです.宜しくお願いします.

該当のソースコード

#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
lines=[]
i=0
f=open('fasta,txt')
for line in f:
    if i in lines:
        print i
    i+=1

使用ファイル (処理前)

>Abe |
MAKGQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAIS
TVVPSRPVSHHSNNAGGGTSSNYHHGSSAQNTSAQQDSEETE
>Sato |
MAKGQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAIS
TVVPSRPVSHHSNNAGGGASNNYHHGSNAQGSTAQQDSEETE
>Seo | 
MSKGHSLQDPYLNTLRKERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAIS
TVVPSRPVRLPSGDQPAEPGNA

理想 (処理後)

>Abe |
FLNALRRERV
>Sato |
FLNALRRERV
>Seo | 
YLNTLRKERV

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  • aokikenichi

    2020/07/13 18:41

    「Python 文字列抽出」では検索されましたでしょうか

    キャンセル

  • Male_soprano

    2020/07/13 20:32

    勿論です
    しかし,当方Python初心者で,どのようにファイル形式を崩さずに指定した複数の行に対して同時に処理を行うのか全く想像がつかない為,質問させていただきました.

    キャンセル

  • tiitoi

    2020/07/13 20:50 編集

    以下の文字列の中に改行が入っていますが、これは改行なしに1つの文字列として認識して、21文字目から30文字目という意味でしょうか?
    MAKGQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAIS<改行>
    TVVPSRPVSHHSNNAGGGTSSNYHHGSSAQNTSAQQDSEETE
    は以下と解釈?
    MAKGQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSHHSNNAGGGTSSNYHHGSSAQNTSAQQDSEETE

    キャンセル

  • Male_soprano

    2020/07/14 00:02

    そうです.説明が足りず失礼しました.

    キャンセル

回答 2

checkベストアンサー

+1

以下の意図であっていますか?

import re

slice_range = slice(10, 20)  # 抽出範囲
input_path = "sample.txt"
output_path = "output.txt"

with open(input_path) as f:
    text = f.read()

# 文字列の途中の改行を消す
text = re.sub(r"([a-zA-Z])\n([a-zA-Z])", r"\1\2", text)

with open(output_path, "w") as f:
    for line in text.splitlines():
        if line.startswith(">"):
            # > で始まる行はそのまま出力
            f.write(line + "\n")
        else:
            # それ以外の行は指定範囲を出力
            f.write(line[slice_range] + "\n")
>Abe |
FLNALRRERVP
>Sato |
FLNALRRERVP
>Seo | 
YLNTLRKERVP

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  • 2020/07/14 00:01

    有難うございます!
    非常に助かります.

    キャンセル

0

これアミノ酸配列でしょう?
biopythonの使い方を覚えるべきだと思います。

Biopython入門 - 前編 【インストール ~ 簡単な使い方】

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  • 2020/07/14 00:06

    勿論仰る通りですが,このサイトでバイオインフォ経験者を狙った質問は難しいと判断した為,pythonでの解決法を求めた次第です

    キャンセル

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