macにてrstanをinstallする方法

前提・実現したいこと

mac(ver 10.13.6)にrstanをinstallしたいのですが,
errorが出てしまい困惑しています。

発生している問題・エラーメッセージ

https://qiita.com/Yoshiki443/items/abd08f550293e6a03290

こちらのサイトを参照して,rstanをinstallしたのですが,libraryにrstanなんて
ないよと返ってきてしまいます。

r
1> install.packages('rstan', repos='https://cloud.r-project.org/', dependencies=TRUE)
2also installing the dependencies ‘V8’, ‘shinystan’
3
4 URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/V8_3.2.0.tar.gz' を試しています 
5Content type 'application/x-gzip' length 680510 bytes (664 KB)
6==================================================
7downloaded 664 KB
8
9 URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/shinystan_2.5.0.tar.gz' を試しています 
10Content type 'application/x-gzip' length 2400413 bytes (2.3 MB)
11==================================================
12downloaded 2.3 MB
13
14 URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/rstan_2.21.1.tar.gz' を試しています 
15Content type 'application/x-gzip' length 1166938 bytes (1.1 MB)
16==================================================
17downloaded 1.1 MB
18
19* installing *source* package ‘V8’ ...
20**  パッケージ ‘V8’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
21** using staged installation
22Using PKG_CFLAGS=-I/usr/local/opt/v8/include -I/usr/local/opt/v8/libexec/include
23Using PKG_LIBS=-L/usr/local/opt/v8/libexec -lv8 -lv8_libplatform
24-----------------------------[ ANTICONF ]-------------------------------
25Configuration failed to find the libv8 engine library. Try installing:
26 * deb: libv8-dev or libnode-dev (Debian / Ubuntu)
27 * rpm: v8-devel (Fedora, EPEL)
28 * brew: v8 (OSX)
29 * csw: libv8_dev (Solaris)
30To use a custom libv8, set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
31R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
32---------------------------[ ERROR MESSAGE ]----------------------------
33<stdin>:1:10: fatal error: 'v8.h' file not found
34#include <v8.h>
35         ^~~~~~
361 error generated.
37------------------------------------------------------------------------
38ERROR: configuration failed for package ‘V8’
39* removing ‘/usr/local/Cellar/r/4.0.0_1/lib/R/library/V8’
40Warning in install.packages :
41  installation of package ‘V8’ had non-zero exit status
42ERROR: dependency ‘V8’ is not available for package ‘rstan’
43* removing ‘/usr/local/Cellar/r/4.0.0_1/lib/R/library/rstan’
44Warning in install.packages :
45  installation of package ‘rstan’ had non-zero exit status
46ERROR: dependency ‘rstan’ is not available for package ‘shinystan’
47* removing ‘/usr/local/Cellar/r/4.0.0_1/lib/R/library/shinystan’
48Warning in install.packages :
49  installation of package ‘shinystan’ had non-zero exit status
50
51The downloaded source packages are in
52	‘/private/var/folders/4l/z3sct5js7mq675xtd3tb1jd80000gn/T/RtmpY3TZj8/downloaded_packages’
53Updating HTML index of packages in '.Library'
54Making 'packages.html' ... done
55> library(stan)
56 library(stan) でエラー:  ‘stan’ という名前のパッケージはありません

試したこと

rにてlibrary()で確認すると
rstantools Tools for Developing R Packages
Interfacing with 'Stan'
という,rstantoolsはあることが確認できました。

こちらを消去してやる方法を今検討していますが,状況を下手に悪化させないため,まずこちらで質問させていただきます。

行動規範の内容に同意します

回答1件

以下の箇所にlibv8 engin libraryが見つからなくて失敗したとあり、環境ごとのインストールの指示が表示されています。

Configuration failed to find the libv8 engine library. Try installing:

deb: libv8-dev or libnode-dev (Debian / Ubuntu)

rpm: v8-devel (Fedora, EPEL)

brew: v8 (OSX)

csw: libv8_dev (Solaris)

To use a custom libv8, set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

macとのことなのでOSXの指示通りで良いと思います。
私はmacを持っていないので試せませんが、ターミナルからbrew install v8と実行し、
再度stanをインストールしてみてはどうでしょうか。

投稿2020/07/14 05:57