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pythonで16bitのtiff画像を読み込みたい

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bas

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pythonで16bitのtiff画像を読み込みたいです。そこで,tifffileパッケージを用いて以下のコードで画像の読み込みを行いました。

import tifffile
PATH = "/mnt/dataDrive/image/3/2020_1_10/2_32_39_depthfield.tiff"
img = tifffile.imread(PATH)

pythonのバージョンは3.6.8でcentos7を使っています。
しかし,以下のようなエラーが出てきました。

---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-56c32408d22b> in <module>
      1 import tifffile
      2 PATH = "/mnt/dataDrive/image/3/2020_1_10/2_32_39_depthfield.tiff"
----> 3 img = tifffile.imread(PATH)

/usr/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py in imread(files, **kwargs)
    714     if isinstance(files, basestring) or hasattr(files, 'seek'):
    715         with TiffFile(files, **kwargs_file) as tif:
--> 716             return tif.asarray(**kwargs)
    717     else:
    718         with TiffSequence(files, **kwargs_seq) as imseq:

/usr/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py in asarray(self, key, series, out, validate, maxworkers)
   2411         elif len(pages) == 1:
   2412             result = pages[0].asarray(out=out, validate=validate,
-> 2413                                       maxworkers=maxworkers)
   2414         else:
   2415             result = stack_pages(pages, out=out, maxworkers=maxworkers)

/usr/lib/python3.6/site-packages/tifffile/tifffile.py in asarray(self, out, squeeze, lock, reopen, maxsize, maxworkers, validate)
   4355             if self.compression not in TIFF.DECOMPESSORS:
   4356                 raise ValueError('TiffPage %i: cannot decompress %s'
-> 4357                                  % (self.index, self.compression.name))
   4358             if 'SampleFormat' in tags:
   4359                 tag = tags['SampleFormat']

ValueError: TiffPage 0: cannot decompress PACKBITS

どのように解決すればよいのか教えて頂きたいです。
また,別の手法がありましたらそちらを教えて頂きたいです。
ただ,読み込んだ際に8bit画像になってしまうようなものは避けたいです。
よろしくお願いします。

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check解決した方法

0

パッケージの互換性の問題でした。
お騒がせしました。

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仔細は不明ですが、最近PackBitsに関するアップデートがあります。

2020.5.30
Re-add pure Python PackBits decoder.

以前のバージョンではPackBitsに対応していないかった可能性があります。

tifffileモジュールを最新版に更新して実行してみてください。

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  • 2020/07/09 14:00

    回答ありがとうございます。
    tifffileモジュールを最新版にしましたが,改善されませんでした...

    キャンセル

  • 2020/07/09 14:29

    最新版にしたのであれば同じエラーは発生しないはずです。(そもそもソースに当該エラーを出力する箇所がない)
    もう一度確認してみてください。またアップデートした最新版のバージョンも確認してみてください。

    キャンセル

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