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Pythonクラスター解析、樹状図のラベル順序取得

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proteomics

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200個のデータ(X1, X2, …, X200)をクラスタリングしています。
dendrogramにおける横軸のラベルの順序をリストなどにして取得できますか?

例えば、X1, X2, …, X200は樹状図を書くと、
X105, X23, …, X155という順番に並び変わるとします。
["X105", "X23", …, "X155"]というようなリストを取得することは可能でしょうか。

最終的な目標は、データの種類に応じたラベルの色分けです。
例えばX1からX30が同じ種類であるとして、樹状図においてそれらがどこに位置するかを視覚化したいです。
目的のリストさえ得ることができれば、その後のイメージはあります。

ちなみに、以下のような方法でクラスタリングを行っています。

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage

#data: 解析対象データ
z=linkage(data,method="ward",metric="euclidean")
dendrogram(z)
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回答 1

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0

ここにあるのがほぼ完全にやりたいことと被ってる気がします。
https://qiita.com/sho-matsuo/items/cd7f2b66e572bf60048b

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  • 2020/07/03 16:45

    ご回答いただきありがとうございます。

    その記事に書いてあるのは、「各データが、どのクラスターに属するか」だと思います。(つまりクラスター内は区別しない)
    私が知りたいのは、「各データが、樹状図の左から何番目のleafに位置するか」です。

    しかし、その記事がきっかけで正解を見つけることができました。
    x=dendrogram(z)
    x["ivl"]
    とすれば樹状図の左から順番にデータ名を取得することができました。

    ありがとうございました。

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