3軸のグラフにおいて信号値によって色分けして表示する方法

Question

画像を扱っています。
画像枚数200枚程度、ピクセルが380×380程度の画像です。
画像を積み上げて立体的画像として扱っています。
配列は（画像枚数、横軸ピクセル、縦軸ピクセル）でグレイスケールです。

3Dのグラフにて、
X軸：ピクセル横軸
Y軸：ピクセル縦軸
Z軸：画像枚数

で軸を取り、各ピクセルの値によって色分けで値を表示したいと考えております。
しかし、なかなかいい方法がありません。
どなたか、いい方法等ご存知ではないでしょうか？

matplotlib、seabornでヒートマップ等いろいろと検索をしてみたのですが、z軸が値となる方法や、ヒートマップは2Dで表示のみでいい方法が見つかりません。

どなたか、ご存知の方がいらしましたらご教授いただけると幸いです。

Answer 1

matplotlibのcmap(Colormap)を使ってはどうでしょうか。引数cに値を入れて引数cmapにカラーマップを指定するイメージです。

Comments

[dendendenjirou]

ご回答ありがとうございます。
教えて頂いた通りにやって表示は出来たのですが、
選択画像が1枚の時はきちんと表示できるのですが、複数枚の時は同一断面に複数枚の画像が表示されてしまいます。

お忙しいと事恐縮ではございますが、知恵を貸していただけると幸いです。
コードは以下となります。

# -*- coding: utf-8 -*-

import fileselect as fs
import pydicom
import numpy as np
import cv2
import matplotlib.pyplot as plt

filename = fs.many_files()

dcm =pydicom.dcmread(filename[0])
row, columns = dcm.pixel_array.shape[0], dcm.pixel_array.shape[1]

pix = np.zeros((len(filename),row//3,columns//3),dtype='int16')

for i in range(len(filename)):
dcm = pydicom.dcmread(filename[i])
pix[i] = cv2.resize(dcm.pixel_array,(row//3,columns//3))

x_list=[i for i in range(int(row//3))]
y_list=[i for i in range(int(columns//3))]
z_list=[i for i in range(len(filename))]

Z,X,Y=np.meshgrid(z_list,x_list,y_list)

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')

ax.set_xlabel("x",labelpad=50,fontsize=8)
ax.set_ylabel("y",labelpad=50,fontsize=8)
ax.set_zlabel("z",labelpad=50,fontsize=8)

ax.set_xlim(row//3,0)
ax.set_ylim(0,columns//3)
ax.set_zlim(0,len(filename))

sc = ax.scatter(Y.ravel(),X.ravel(),Z.ravel(), c = pix.ravel(),alpha=0.1,zdir='z', cmap='PuRd')

fig.colorbar(sc)
plt.show()

[x98000]

実行できる環境が無いので想像になりますが、forループとその内側の内包表記で同じ変数 i を使っているので影響が出そうです。
なお、既に問題がタイトルと異なっているので別に質問したほうがいいでしょう。ソースコードもフォーマット出来るので。

[dendendenjirou]

今回は、本当にありがとうございました。
3軸グラフでカラーマップ表示。
一歩、完成に近づくことができました。

同一断面に複数枚の画像が載ってしまう件に関してはまだ解決しておりませんが、ご指摘の通り再度、質問をあげさせて頂きます。

今回は、本当にありがとうございました。