python_graphvizのpathの通し方がわからない

Question

開発環境

OS：macOS Hisg Sierra 10.13.6
Jupyter lab:1.2.6
python 3.7.7
conda 4.8.3
homebrew 2.2.14
pyenv 1.2.18

エラー内容

from sklearn.model_selection import train_test_split
import mglearn
import matplotlib.pyplot as plt
import graphviz

mglearn.plots.plot_animal_tree()

# エラー
ExecutableNotFound: failed to execute ['dot', '-Tpng', '-O', 'tmp'], make sure the Graphviz executables are on your systems' PATH

やってみたこと

https://tech-diary.net/python-graphviz-mac/
上記のサイトを参考にgraphvizをインストール

brew install graphviz

dot -V
>>> dot - graphviz version 2.44.0 (20200408.0750)

pythonで使用するモジュールもインストール

pip install graphviz

ほとんどサイトがこれで実行できているようですが私の環境下では実行できませんでした。
エラーを見る限りPATHのエラーということはわかるのですが、環境変数の設定方法がわかりません。
対処方法の方ご存知の方いましたら教えていただけたらと思います。

Answer 1

とりあえず、先にJupyter labやOSの再起動を試してください。それで駄目ならdotコマンドのインストール先をwhichコマンドで調べて、それをPATHに追加すればいいはずです。

Comments

[andyCandy]

コメントありがとうございます。
再起動では解決しなかったためPATHの追加をしてみたのですが解決しませんでした。
手順は以下の通りであっていますでしょうか。
```bash
$ which dot
>>> /usr/local/bin/dot

$ export PATH=$PATH:/usr/local/bin/dot

$ source ~/.bash_profile
>>> declare -x PATH="/usr/local/bin/dot: [略]
```

[hayataka2049]

whichで出てくるのは実行ファイルのフルパスなので、追加すべきなのは/usr/local/binですね。.bashrc（か、相当する他のもの。.bash_profileでもまあ可）に書きましたか？

[andyCandy]

回答ありがとうございます。
.bashrcが存在しなかったので.bash_profileを使用しました。
ご指摘いただいたPATHに変更して書き直しました。
```
$ nano ~/.bash_profile
# 最後の行に以下の内容が記載されていた
>>> export PATH=/usr/local/bin:$PATH

$ source ~/.bash_profile
```

これでもまだ実行できませんでした。
.bash_profileへの書き方が間違っているのでしょうか。

[hayataka2049]

jupyterでimport os;print(os.environ["PATH"])などとして繁栄できているかどうか確認してみてください。

[andyCandy]

教えていただいたpythonスクリプトを実行してみたところ反映されていませんでした。
~/.bash_profileにはどのように記載すべきなのでしょうか。

[hayataka2049]

ターミナルでecho $PATHするとこちらでは反映されていますか？　されませんか？

[andyCandy]

ターミナル上から以下のコマンドを実行しました。
$ echo export PATH='/usr/local/bin:$PATH' >> ~/.bash_profile
$ source ~/.bash_profile
$ cat ~/.bash_profile
# 最終行に以下の内容を表示
>>> export PATH=/usr/local/bin:$PATH

そしてターミナル上でpythonを立ち上げて以下のコマンドを実行すると
PATHが通っていることが確認できました。
import os
print(os.environ["PATH"])
>>> :/usr/local/bin:

丁寧に解説していただきありがとうございました。